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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aq7 | ||||||
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タイトル | TRYPSIN WITH INHIBITOR AERUGINOSIN 98-B | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / SERINE PROTEASE / INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Microcystis aeruginosa (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sandler, B. / Murakami, M. / Clardy, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998 タイトル: Atomic Structure of the Trypsin-Aeruginosin 98-B Complex 著者: Sandler, B. / Murakami, M. / Clardy, J. #1: ジャーナル: Tetrahedron Lett. / 年: 1995 タイトル: Aeruginosins 98-A and B, Trypsin Inhibitors from the Blue-Green Alga Microcystis Aeruginosa (Nies-98) 著者: Murakami, M. / Ishida, K. / Okino, T. / Okita, Y. / Matsuda, H. / Yamaguchi, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aq7.cif.gz | 56.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aq7.ent.gz | 42.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aq7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aq7_validation.pdf.gz | 427.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aq7_full_validation.pdf.gz | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1aq7_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aq7_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aq7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1tpsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 10MG/ML TRYPSIN-LIGAND AGAINST 20% PEG-4000 AND 10% ISOPROPANOL IN 100MM PH 8.5 HEPES | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→99 Å / Num. obs: 8944 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 12.1 / Rsym value: 0.073 / % possible all: 85.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.063 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1TPS 解像度: 2.2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0078 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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