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- PDB-1aoy: N-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI ARGININE REPRESSOR NMR, 23 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aoy
タイトルN-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI ARGININE REPRESSOR NMR, 23 STRUCTURES
要素ARGININE REPRESSOR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / EXPRESSION REGULATION / DNA ORGANIZATION / WINGED HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of arginine biosynthetic process / regulation of arginine catabolic process / plasmid recombination / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / arginine biosynthetic process / arginine binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein complex oligomerization / transcription regulator complex ...regulation of arginine biosynthetic process / regulation of arginine catabolic process / plasmid recombination / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / arginine biosynthetic process / arginine binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein complex oligomerization / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sunnerhagen, M. / Nilges, M. / Otting, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the DNA-binding domain and model for the complex of multifunctional hexameric arginine repressor with DNA.
著者: Sunnerhagen, M. / Nilges, M. / Otting, G. / Carey, J.
履歴
登録1997年7月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年4月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARGININE REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7221
ポリマ－8,7221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 75LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ARGININE REPRESSOR


分子量: 8722.121 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90 (DE3) AND BL21 (DE3) ARG / Variant (発現宿主): T7 / 参照: UniProt: P0A6D0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112QF-COSY
1213QF-COSY
131E-COSY
141CLEAN TOCSY
151NOESY
161HNHB
17113C-HMBC
181TOCSY-15N-HSQC
191NOESY-15N-HSQC
11013D HNCO

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試料調製

試料状態pH: 5.8 / 温度: 301 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR (MODIFIED)(MODIFIED)BRUNGER (MODIFICATIONS: NILGES)精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED WITH A MODIFIED VERSION OF X-PLOR WITH A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. AN AUTOMATED PROCEDURE (ARIA) WAS USED TO AUTOMATICALLY CALIBRATE, SELECT AND ASSIGN PEAK ...詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED WITH A MODIFIED VERSION OF X-PLOR WITH A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. AN AUTOMATED PROCEDURE (ARIA) WAS USED TO AUTOMATICALLY CALIBRATE, SELECT AND ASSIGN PEAK LISTS FROM HOMONUCLEAR H2O AND D2O AND N15-EDITED 3D NOESY SPECTRA. 20 STRUCTURES WERE ITERATIVELY REFINED, AND THE NOE DATA RE-ASSIGNED ON THE BASIS OF THE 7 LOWEST ENERGY STRUCTURES IN EACH ITERATION. THE AUTOMATICALLY GENERATED ASSIGNMENTS WERE CHECKED MANUALLY AND CORRECTED IF NECESSARY. THE FINAL LIST OF RESTRAINTS CONTAINED 2008 UNAMBIGUOUS RESTRAINTS AND 280 AMBIGUOUS RESTRAINTS WITH MAXIMALLY 5 ASSIGNMENT POSSIBILITIES. WITH THE FINAL RESTRAINT LIST, A TOTAL OF 75 STRUCTURES WERE CALCULATED. THE 23 STRUCTURES WITH THE LOWEST TOTAL ENERGY WERE REFINED IN AN EXPLICIT SHELL OF WATER. THE STRUCTURAL STATISTICS GIVEN BELOW ARE FOR THE STRUCTURES AFTER THE REFINEMENT IN WATER. REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL REFERENCE ABOVE. THE 23 DEPOSITED STRUCTURES ARE IN ORDER OF RISING RESTRAINT ENERGY AFTER WATER REFINEMENT. NOES TO ALL PROCHIRAL GROUPS WERE TREATED WITH A FLOATING CHIRALITY APPROACH THAT ALLOWS EXPLICIT SWAPPING OF PROTONS AND METHYL GROUPS; THE ATOM NAMES IN THE COORDINATE ENTRY HAVE BEEN RENAMED TO BE CONSISTENT WITH STANDARD IUB/IUPAC CONVENTION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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