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- PDB-1aor: STRUCTURE OF A HYPERTHERMOPHILIC TUNGSTOPTERIN ENZYME, ALDEHYDE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aor
タイトルSTRUCTURE OF A HYPERTHERMOPHILIC TUNGSTOPTERIN ENZYME, ALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
要素ALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde ferredoxin oxidoreductase / aldehyde ferredoxin oxidoreductase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 3 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 3 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 ...Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 3 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 3 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain superfamily / : / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domains 2 & 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TUNGSTOPTERIN COFACTOR / IRON/SULFUR CLUSTER / Tungsten-containing aldehyde ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chan, M.K. / Mukund, S. / Kletzin, A. / Adams, M.W.W. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Structure of a hyperthermophilic tungstopterin enzyme, aldehyde ferredoxin oxidoreductase.
著者: Chan, M.K. / Mukund, S. / Kletzin, A. / Adams, M.W. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Molecular Characterization of the Genes Encoding Two Tungsten-Containing Enzymes from Hyperthermophilic Archaea: Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from Pyrococcus Furiosus and ...タイトル: Molecular Characterization of the Genes Encoding Two Tungsten-Containing Enzymes from Hyperthermophilic Archaea: Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from Pyrococcus Furiosus and Formaldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from Thermococcus Litoralis
著者: Kletzin, A. / Mukund, S. / Kelley-Crouse, T.L. / Chan, M.K. / Rees, D.C. / Adams, M.W.W.
履歴
登録1995年2月13日処理サイト: BNL
改定 1.01995年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET HELIX AND SHEET ENTRIES HAVE BEEN AUTOMATICALLY GENERATED BY THE PDB USING A PROGRAM BASED ON ...SHEET HELIX AND SHEET ENTRIES HAVE BEEN AUTOMATICALLY GENERATED BY THE PDB USING A PROGRAM BASED ON DSSP OF W. KABSCH AND C. SANDER

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
B: ALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2999
ポリマ－133,4302
非ポリマー2,8697
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area35650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.939, 108.332, 159.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 310 / 2: CIS PROLINE - PRO A 462 / 3: CIS PROLINE - PRO B 310 / 4: CIS PROLINE - PRO B 462

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE


分子量: 66715.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q51739

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非ポリマー , 5種, 386分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-PTE / TUNGSTOPTERIN COFACTOR


分子量: 1031.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29MgN10O14P2S4W
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: capillary method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein11
250 mMTris-HCl11
310 %glycerol11
42 mMdithionite11
52 mMdithiothreitol11
60.18 M12Na2MoO4
70.1 MTris-HCl12
830 %PEG400012

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 56373 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.32 Å / Num. measured all: 237105 / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 0
詳細: PLEASE NOTE THAT ALL RESIDUES WERE BUILT TO FIT THE BEST POSSIBLE OBSERVED DENSITY. THOSE SIDE CHAIN ATOMS WHICH SEEMED UNRELIABLE HAD THEIR OCCUPANCIES FIXED AT 0.0.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.155 --
obs0.155 55520 89 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9386 0 129 373 9888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.576
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 22 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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