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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aom | ||||||
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タイトル | SUBSTRATE AND PRODUCT BOUND TO CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE | ||||||
要素 | NITRITE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ENZYME / NITRITE REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Paracoccus pantotrophus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Williams, P.A. / Fulop, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Haem-ligand switching during catalysis in crystals of a nitrogen-cycle enzyme. 著者: Williams, P.A. / Fulop, V. / Garman, E.F. / Saunders, N.F. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aom.cif.gz | 234.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aom.ent.gz | 183.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aom.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aom_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aom_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1aom_validation.xml.gz | 48.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aom_validation.cif.gz | 73.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1aom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1aom | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.716984, 0.550397, 0.427781), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 62605.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus pantotrophus (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 参照: UniProt: P72181 |
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-非ポリマー , 5種, 1083分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2NO / | #4: 化合物 | ChemComp-HEM / | #5: 化合物 | ChemComp-NO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE 50MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0 CRYSTALS WERE REDUCED USING 16MM SODIUM DITHIONITE. CRYSTAL 1 SOAKED IN NITRITE. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Fulop, V., (1993) J. Mol. Biol., 232, 1211. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.88 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.88 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 98949 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.046 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rsym value: 0.155 / % possible all: 77.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 299460 / Rmerge(I) obs: 0.046 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINTS | ||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |