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- PDB-1amm: 1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF GAMMA-B CRYSTALLIN AT 150K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1amm
タイトル1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF GAMMA-B CRYSTALLIN AT 150K
要素GAMMA B-CRYSTALLIN
キーワードCRYSTALLIN / EYE LENS PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin B
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kumaraswamy, V.S. / Lindley, P.F. / Slingsby, C. / Glover, I.D.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: An eye lens protein-water structure: 1.2 A resolution structure of gammaB-crystallin at 150 K.
著者: Kumaraswamy, V.S. / Lindley, P.F. / Slingsby, C. / Glover, I.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Structure of the Bovine Eye Lens Protein Gamma B (Gamma II) Crystallin at 1.47 Angstroms
著者: Najmudin, S. / Nalini, V. / Driessen, H.P.C. / Slingsby, C. / Blundell, T.L. / Moss, D.S. / Lindley, P.F.
#2: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1993
タイトル: Structure of Gammab-Crystallin at 150K
著者: Lindley, P.F. / Najmudin, S. / Bateman, O. / Slingsby, C. / Myles, D.D. / Kumaraswamy, S. / Glover, I.
履歴
登録1996年3月20日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA B-CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9931
ポリマ－20,9931
非ポリマー00
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.430, 56.430, 97.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-464-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GAMMA B-CRYSTALLIN / GAMMA II-CRYSTALLIN


分子量: 20992.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: EYE / 組織: EYE LENS / 参照: UniProt: P02526
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化
*PLUS
温度: 0 K / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
170 mg/mlprotein11
20.05 Msodium hydrogen phosphate11
31 mMdithiothreitol11

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.98
検出器タイプ: CEA FILM / 検出器: FILM / 日付: 1992年8月1日 / 詳細: FOCUSSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→20 Å / Num. obs: 45977 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 88
反射
*PLUS
Num. measured all: 173126
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 % / Num. unique obs: 5317 / Num. measured obs: 16578

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解析

ソフトウェア
名称分類
RESTRAIN精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 1.2→12 Å / σ(F): 0 /
反射数%反射
all45905 -
obs45905 93.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 8.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1486 0 0 392 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.054
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.032
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.023
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.035
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: RESTRAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 49721 / Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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