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- PDB-1ajm: CRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDYLATE SYNTHASE R126E MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ajm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDYLATE SYNTHASE R126E MUTANT
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードMETHYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / DUMP
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Strop, P. / Montfort, W.R.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystal structures of a marginally active thymidylate synthase mutant, Arg 126-->Glu.
著者: Strop, P. / Changchien, L. / Maley, F. / Montfort, W.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structure, Multiple Site Binding, and Segmental Accommodation in Thymidylate Synthase on Binding Dump and an Anti-Folate
著者: Montfort, W.R. / Perry, K.M. / Fauman, E.B. / Finer-Moore, J.S. / Maley, G.F. / Hardy, L. / Maley, F. / Stroud, R.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Erratum. Structure, Multiple Site Binding, and Segmental Accommodation in Thymidylate Synthase on Binding Dump and an Anti-Folate
著者: Montfort, W.R. / Perry, K.M. / Fauman, E.B. / Finer-Moore, J.S. / Maley, G.F. / Hardy, L. / Maley, F. / Stroud, R.M.
履歴
登録1997年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5321
ポリマ－30,5321
非ポリマー00
水90150
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE

A: THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0632
ポリマ－61,0632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555x,-y,-z+1/21
Buried area4130 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21090 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)132.700, 132.700, 132.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-265-

HOH

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要素

#1: タンパク質 THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量: 30531.584 Da / 分子数: 1 / 変異: R126E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: BLUSCRIPT SK+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XAC25 THY- STRAIN / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.41 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contained 1:1 mixture of protein and precipitant
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlR126E TS1drop
23 mMdUMP1drop
320 mMpotassium phosphate1drop
44 mMdithiothreitol1drop
52.5 Mammonium sulfate1reservoirprecipitant
620 mMpotassium phosphate1reservoirprecipitant
74 mMdithiothreitol1reservoirprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年12月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 14066 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.101
反射
*PLUS
Num. measured all: 88083 / Rmerge(I) obs: 0.101

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT1精密化
PROCORデータ削減
FBSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 2.4→25 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射
Rwork0.182 --
all-14066 -
obs-14066 92 %
溶媒の処理Bsol: 157.1 Å2 / ksol: 0.616 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2151 0 0 50 2201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01222110.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.21729861.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.50512820
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.007632
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0133165
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.021912
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg19.5050
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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