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- PDB-1ajg: CARBONMONOXY MYOGLOBIN AT 40 K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ajg
タイトルCARBONMONOXY MYOGLOBIN AT 40 K
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT / RESPIRATORY PROTEIN / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Teng, T.Y. / Srajer, V. / Moffat, K.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Photolysis-induced structural changes in single crystals of carbonmonoxy myoglobin at 40 K.
著者: Teng, T.Y. / Srajer, V. / Moffat, K.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Initial Trajectory of Carbon Monoxide After Photodissociation from Myoglobin at Cryogenic Temperatures
著者: Teng, T.Y. / Srajer, V. / Moffat, K.
履歴
登録1997年5月2日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0725
ポリマ－17,2351
非ポリマー8374
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.430, 30.430, 34.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CARBONMONOXY MYOGLOBIN, CO LIGAND BOUND TO FE OF THE HEME, HEME BOUND TO NE2 OF HIS 93
由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.12 %
解説: DATA WERE COLLECTED IN DARK USING AN OPEN FLOW NITROGEN/HELIUM CRYOSTAT FOR COOLING.
結晶化pH: 6
詳細: AS DESCRIBED IN KENDREW,J.C. AND PARRISH,R.G., PROC. ROY. SOC. A (LONDON) 238, 305-324 (1956), pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 40 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.123
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年6月30日 / 詳細: YES
放射モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→27.5 Å / Num. obs: 13483 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.69→1.77 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 1MBO

1mbo


解像度: 1.69→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES HAVE BEEN MODELED WITH DISORDERED SIDE CHAINS IN TWO CONFORMERS -- 4 GLU, 21 VAL, 26 GLN, 31 ARG, 61 LEU. IN ADDITION, THE LIGAND CARBONMONOXY WAS REFINED IN SUCH WAY ...詳細: THE FOLLOWING RESIDUES HAVE BEEN MODELED WITH DISORDERED SIDE CHAINS IN TWO CONFORMERS -- 4 GLU, 21 VAL, 26 GLN, 31 ARG, 61 LEU. IN ADDITION, THE LIGAND CARBONMONOXY WAS REFINED IN SUCH WAY OF SHARING ELECTRON DENSITY WITH 30% WATER MOLECULE TO SIMULATE THE 30% MET MYOGLOBIN CONTENTS IN THE VERY LAST STAGE OF REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1364 10 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.171 13385 94.5 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.16 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 45 193 1455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.77 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 136 10 %
Rwork0.227 1302 -
obs--82.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHSCDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.HEMETOPHSCDX.HEME
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X.COTOPH19X.CO
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19X.H2OTOPH19X.H20
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.171 / Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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