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- PDB-1aj6: NOVOBIOCIN-RESISTANT MUTANT (R136H) OF THE N-TERMINAL 24 KDA FRAG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aj6
タイトルNOVOBIOCIN-RESISTANT MUTANT (R136H) OF THE N-TERMINAL 24 KDA FRAGMENT OF DNA GYRASE B COMPLEXED WITH NOVOBIOCIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION
要素GYRASE
キーワードTOPOISOMERASE / GYRASE / NOVOBIOCIN / ANTIBIOTIC / RESISTANT MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NOVOBIOCIN / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Weston, S.A. / Tunnicliffe, A. / Pauptit, R.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: The entropic penalty of ordered water accounts for weaker binding of the antibiotic novobiocin to a resistant mutant of DNA gyrase: a thermodynamic and crystallographic study.
著者: Holdgate, G.A. / Tunnicliffe, A. / Ward, W.H. / Weston, S.A. / Rosenbrock, G. / Barth, P.T. / Taylor, I.W. / Pauptit, R.A. / Timms, D.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Antibacterial Design Based on the Structures of Gyrase-Inhibitor Complexes
著者: Pauptit, R.A. / Weston, S.A. / Breeze, A.L. / Derbyshire, D.J. / Tucker, A.D. / Hales, N. / Hollinshead, D. / Timms, D.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: The High-Resolution Crystal Structure of a 24-kDa Gyrase B Fragment from E. Coli Complexed with One of the Most Potent Coumarin Inhibitors, Clorobiocin
著者: Tsai, F.T. / Singh, O.M. / Skarzynski, T. / Wonacott, A.J. / Weston, S. / Tucker, A. / Pauptit, R.A. / Breeze, A.L. / Poyser, J.P. / O'Brien, R. / Ladbury, J.E. / Wigley, D.B.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: The Nature of Inhibition of DNA Gyrase by the Coumarins and the Cyclothialidines Revealed by X-Ray Crystallography
著者: Lewis, R.J. / Singh, O.M. / Smith, C.V. / Skarzynski, T. / Maxwell, A. / Wonacott, A.J. / Wigley, D.B.
履歴
登録1997年5月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GYRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6542
ポリマ－24,0411
非ポリマー6131
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.500, 47.720, 114.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GYRASE


分子量: 24040.936 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL 24 KDA / 変異: R136H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
解説: PLASMID PTB382 ENCODING MUTANT DERIVED FROM PAM24 WHICH ENCODES 24 KDA SUBDOMAIN (SUPPLIED BY A. MAXWELL, LEICESTER), WHICH IN TURN WAS DERIVED FROM PAG111 PLASMID WHICH ENCODES FOR GYRB
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GYRB / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MM294 / 参照: UniProt: P06982, UniProt: P0AES6*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-NOV / NOVOBIOCIN / 4-Hydroxy-3-[4-hydroxy-3-(3-methylbut-2-enyl)benzamido]-8-methylcoumarin-7-yl 3-O-carbamoyl-5,5-di-C-methyl-alpha-l-lyxofuranoside / U-6391


分子量: 612.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H36N2O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE MUTATED RESIDUE HIS 136 HAS AN UNUSUAL ECLIPSED SIDE CHAIN CONFORMATION WHICH IS STABILISED BY ...THE MUTATED RESIDUE HIS 136 HAS AN UNUSUAL ECLIPSED SIDE CHAIN CONFORMATION WHICH IS STABILISED BY HYDROGEN BONDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION; 12MGS/ML PROTEIN/NOVOBIOCIN MIXED WITH EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (12% V/V PEG200, 100MM MES PH6.2), vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein/novobiocin1drop
26 %(v/v)PEG2001drop
350 mMMES1drop
412 %(v/v)PEG2001reservoir
5100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSSED PT-COATED MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.8 Å / Num. obs: 9455 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rsym value: 0.131 / % possible all: 97
反射
*PLUS
Num. measured all: 48291
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
TNT5D精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: WILD-TYPE 24KDA FRAGMENT/NOVOBIOCIN COMPLEX

解像度: 2.3→19.8 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROGEO
詳細: STRAINED GEOMETRY AND DIFFERENCE DENSITY AT PRO 23 SUGGEST IT MIGHT HAVE MORE THAN ONE CONFORMATION. ASN 178 IS IN A DISALLOWED REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT. IT ADOPTS A CLASSICAL C-7 ...詳細: STRAINED GEOMETRY AND DIFFERENCE DENSITY AT PRO 23 SUGGEST IT MIGHT HAVE MORE THAN ONE CONFORMATION. ASN 178 IS IN A DISALLOWED REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT. IT ADOPTS A CLASSICAL C-7 AXIAL CONFORMATION TYPICAL OF GLYCINE RESIDUES WITH A CO(N-1)..N(N+1) H-BOND.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 999 10 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.206 9455 --
obs0.206 9455 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 241 Å2 / ksol: 1 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1459 0 44 89 1592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01215313
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.36620763
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.98860
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01325
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01522810
X-RAY DIFFRACTIONt_it2.1152120
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.051328
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.015 / Weight: 10
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.132 / Rfactor obs: 0.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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