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- PDB-1ais: TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/TATA-BOX COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ais
タイトルTATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*(5IU)P*(5IU)P*AP*AP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*T )-3')
  • PROTEIN (TATA-BINDING PROTEIN)
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION / HYPERTHERMOPHILE / RIBOSOME BINDING / COMPLEX (RIBOSOME BINDING- DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor TFIIB, archaea / TATA-box binding protein, archaea / TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Cyclin-like / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB ...Transcription initiation factor TFIIB, archaea / TATA-box binding protein, archaea / TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Cyclin-like / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Cyclin A; domain 1 / TBP domain superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription initiation factor IIB / TATA-box-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus woesei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kosa, P.F. / Ghosh, G. / Dedecker, B.S. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The 2.1-A crystal structure of an archaeal preinitiation complex: TATA-box-binding protein/transcription factor (II)B core/TATA-box.
著者: Kosa, P.F. / Ghosh, G. / DeDecker, B.S. / Sigler, P.B.
履歴
登録1997年4月24日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*(5IU)P*(5IU)P*AP*AP*AP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*T )-3')
A: PROTEIN (TATA-BINDING PROTEIN)
B: PROTEIN (TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5044
ポリマ－53,5044
非ポリマー00
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.700, 91.200, 74.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*(5IU)P*(5IU)P*AP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 5384.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*T )-3')


分子量: 5249.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (TATA-BINDING PROTEIN) / TBP


分子量: 20279.707 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1 - 181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus woesei (古細菌) / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P62001
#4: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB) / TFB TFIIB


分子量: 22590.379 Da / 分子数: 1 / Fragment: C TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus woesei (古細菌) / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P61999
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: HANGING DROP METHOD 8% PEG 8000, 200 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.4., vapor diffusion - hanging drop
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2K PHOSPHATE11
3PEG 800011
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 64 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 %(w/v)PEG80001drop
2100 mMpotassium phosphate1drop
30.15 mMDNA complex1drop
475 mMpotassium acetate1drop
55 mMTris1drop
68 %PEG80001reservoir
7200 mMpotassium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器検出器: CCD / 日付: 1996年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 14445 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rsym value: 0.088
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1839 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 36876 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.89 Å20 Å2-7.356 Å2
2---13.92 Å20 Å2
3----2.845 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 40 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2951 689 2 288 3930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 36.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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