[日本語] English
万見
- PDB-1ain: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN I AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ain
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN I AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ANNEXIN I
キーワードCALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING / CALCIUM-PHOSPHOLIPID BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-1 production / prolactin secretion / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / regulation of leukocyte migration / granulocyte chemotaxis / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / phospholipase A2 inhibitor activity / regulation of hormone secretion / positive regulation of vesicle fusion / neutrophil clearance ...regulation of interleukin-1 production / prolactin secretion / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / regulation of leukocyte migration / granulocyte chemotaxis / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / phospholipase A2 inhibitor activity / regulation of hormone secretion / positive regulation of vesicle fusion / neutrophil clearance / prostate gland development / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of neutrophil apoptotic process / endocrine pancreas development / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of interleukin-8 production / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / peptide cross-linking / cornified envelope / hepatocyte differentiation / neutrophil homeostasis / neutrophil activation / gliogenesis / calcium-dependent phospholipid binding / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of exocytosis / motile cilium / cellular response to glucocorticoid stimulus / insulin secretion / DNA duplex unwinding / alpha-beta T cell differentiation / arachidonic acid secretion / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of wound healing / phosphatidylserine binding / monocyte chemotaxis / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / phagocytic cup / response to X-ray / lateral plasma membrane / estrous cycle / Smooth Muscle Contraction / localization / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / phagocytosis / positive regulation of T cell proliferation / keratinocyte differentiation / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / adherens junction / phospholipid binding / sarcolemma / response to peptide hormone / cellular response to hydrogen peroxide / calcium-dependent protein binding / response to estradiol / regulation of cell shape / early endosome membrane / G alpha (i) signalling events / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / G alpha (q) signalling events / basolateral plasma membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / vesicle / cell surface receptor signaling pathway / endosome / inflammatory response / apical plasma membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / lipid binding / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Annexin A1 / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, S.-H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of human annexin I at 2.5 A resolution.
著者: Weng, X. / Luecke, H. / Song, I.S. / Kang, D.S. / Kim, S.H. / Huber, R.
履歴
登録1992年6月3日処理サイト: BNL
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ANNEXIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3347
ポリマ－35,0931
非ポリマー2406
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.360, 67.500, 42.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ANNEXIN I / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 35093.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04083
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mLprotein solution1drop
20.05 Mcacodylate1drop
30.1 MNa(OAc)1drop
410 mM1dropCaCl2
58 %PEG40001drop
60.1 Mcacodylate1reservoir
70.2 MNa(OAc)1reservoir
810 mM1reservoirCaCl2
916 %PEG40001reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 13945 / % possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0535 / Num. measured all: 76668

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.163 / 最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数314 0 6 0 320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.8
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る