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- PDB-1aih: CATALYTIC DOMAIN OF BACTERIOPHAGE HP1 INTEGRASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aih
タイトルCATALYTIC DOMAIN OF BACTERIOPHAGE HP1 INTEGRASE
要素HP1 INTEGRASE
キーワードDNA INTEGRATION / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Intergrase catalytic core / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily ...: / Intergrase catalytic core / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haemophilus phage HP1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hickman, A.B. / Waninger, S. / Scocca, J.J. / Dyda, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Molecular organization in site-specific recombination: the catalytic domain of bacteriophage HP1 integrase at 2.7 A resolution.
著者: Hickman, A.B. / Waninger, S. / Scocca, J.J. / Dyda, F.
履歴
登録1997年4月17日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HP1 INTEGRASE
B: HP1 INTEGRASE
C: HP1 INTEGRASE
D: HP1 INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,71917
ポリマ－77,8294
非ポリマー89013
水2,738152
1
A: HP1 INTEGRASE
B: HP1 INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4449
ポリマ－38,9152
非ポリマー5297
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA
2
C: HP1 INTEGRASE
D: HP1 INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2768
ポリマ－38,9152
非ポリマー3616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.400, 129.300, 234.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9998, -0.0133, -0.0154), (-0.0082, -0.4296, 0.903), (-0.0187, 0.9029, 0.4294)1.4576, 67.1685, -42.4
2given(-0.8897, -0.4564, 0.0112), (-0.452, 0.884, 0.1193), (-0.0644, 0.1011, -0.9928)16.0796, -9.585, 222.5898

-
要素

#1: タンパク質
HP1 INTEGRASE


分子量: 19457.312 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 168 - 337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haemophilus phage HP1 (ファージ) / 属: P2-like viruses / 株: HP1C1 / 細胞株: HAEMOPHILUS INFLUENZAE L10 / 遺伝子: GENBANK U24159 / プラスミド: PHPC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 ALPHA / 参照: UniProt: P21442
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, 15% PEG 8000, 45MM NA CAODYLATE, 34MM AMMONIUM SULFATE, 10MM TRIS-HCL, 4.5% GLYCEROL, 0.1 M MGCL., pH 7.5, vapor diffusion
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
215-17 %PEG80001reservoir
30.2 Mmagnesium acetate1reservoir
40.1 Msodium cacodylate1reservoir
5ammonium sulfate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1.6498
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年12月12日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 34819 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 89.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 52126
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1849 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 36851 97.47 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.77 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 30 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5363 0 45 156 5564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.48
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.225
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 110 4.2 %
Rwork0.318 2230 -
obs--82.98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19_MOD.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.48
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.225
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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