PDB-1ahk: DER F 2, THE MAJOR MITE ALLERGEN FROM DERMATOPHAGOIDES FARINAE, N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ahk

タイトル

DER F 2, THE MAJOR MITE ALLERGEN FROM DERMATOPHAGOIDES FARINAE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

要素

DER F 2

キーワード

ALLERGEN / IMMUNOGLOBULIN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

sterol binding / sterol transport / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Dermatophagoides farinae (ダニ)

手法

溶液NMR / DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Ichikawa, S. / Hatanaka, H. / Yuuki, T. / Iwamoto, N. / Ogura, K. / Okumura, Y. / Inagaki, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of Der f 2, the major mite allergen for atopic diseases.
著者: Ichikawa, S. / Hatanaka, H. / Yuuki, T. / Iwamoto, N. / Kojima, S. / Nishiyama, C. / Ogura, K. / Okumura, Y. / Inagaki, F.

履歴

登録	1997年4月7日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ahk.cif.gz	54.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ahk.ent.gz	40.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ahk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ahk_validation.pdf.gz	246.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ahk_full_validation.pdf.gz	245.9 KB	表示
XML形式データ	1ahk_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	1ahk_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/1ahk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/1ahk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ahmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nyw-d 5g4r-3 6sqf-d 2b3r-2 5eps-d 4it7-3 6myj-1 2b3r-1 6roa-1 3zhf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DER F 2

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 20	LEAST FNOE+FREPEL
代表モデル

#1: タンパク質	DER F 2 / DER F II 分子量: 14064.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dermatophagoides farinae (ダニ) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PFLT1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q00855
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	HN(CO)CA
1	3	1	HNCA
1	4	1	CBCA(CO)NH
1	5	1	CBCANH
1	6	1	HBHA(CO)NH
1	7	1	HN(CA)HA
1	8	1	C(CO)NH
1	9	1	HC(C)H-TOCSY

-
試料調製

試料状態	pH: 5.6 / 温度: 328 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS 600 / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST FNOE+FREPEL / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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