SIX RESIDUE HISTIDINE TAG USED FOR PURIFICATION WAS NOT REMOVED PRIOR TO CRYSTALLISATION. IT IS NOT ...SIX RESIDUE HISTIDINE TAG USED FOR PURIFICATION WAS NOT REMOVED PRIOR TO CRYSTALLISATION. IT IS NOT SEEN IN THE STRUCTURE DETERMINATION.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化
手法: under oil / pH: 5 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLISED UNDER OIL IN TERASAKI PLATES. THE DROPS CONTAINED 20.5MG ML PROTEIN, 9% PEGME 550, 60MM CALCIUM CHLORIDE, 25% GLYCEROL AND 30MM SODIUM ACETATE PH 5.0, under oil
モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 34954 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Rsym value: 0.092 / % possible all: 92.6
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
TFFC
モデル構築
X-PLOR
3.851
モデル構築
X-PLOR
3.851
精密化
MOSFLM
データ削減
CCP4
(AGROVATA
データスケーリング
ROTAVATA
データスケーリング
TFFC
位相決定
X-PLOR
3.851
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: TETRAGONAL FORM 解像度: 2.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED THIS IS THE ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.255
1705
5 %
RANDOM
Rwork
0.196
-
-
-
obs
0.196
33922
99 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 25.4 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.29 Å
0.23 Å
Luzzati d res low
-
5 Å
Luzzati sigma a
0.22 Å
0.24 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
3432
0
24
530
3986
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d
0.006
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg
1.3
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d
26.1
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d
0.66
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_mcbond_it
1.121
X-RAY DIFFRACTION
x_mcangle_it
1.822
X-RAY DIFFRACTION
x_scbond_it
2.189
X-RAY DIFFRACTION
x_scangle_it
3.444
LS精密化 シェル
解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6