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- PDB-1ah2: SERINE PROTEASE PB92 FROM BACILLUS ALCALOPHILUS, NMR, 18 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ah2
タイトルSERINE PROTEASE PB92 FROM BACILLUS ALCALOPHILUS, NMR, 18 STRUCTURES
要素SERINE PROTEASE PB92
キーワードSERINE PROTEASE / SUBTILASE / INDUSTRIAL ENZYME / MAXACAL(TM) / APPLICATION IN WASHING POWDERS
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus alcalophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / DGSA
データ登録者Boelens, R. / Schipper, D. / Martin, J.R. / Karimi-Nejad, Y. / Mulder, F. / Zwan, J.V.D. / Mariani, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The solution structure of serine protease PB92 from Bacillus alcalophilus presents a rigid fold with a flexible substrate-binding site.
著者: Martin, J.R. / Mulder, F.A. / Karimi-Nejad, Y. / van der Zwan, J. / Mariani, M. / Schipper, D. / Boelens, R.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1995
タイトル: Complete 1H, 13C and 15N NMR Assignments and Secondary Structure of the 269-Residue Serine Protease Pb92 from Bacillus Alcalophilus
著者: Fogh, R.H. / Schipper, D. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1994
タイトル: 1H, 13C and 15N Assignments of Serine Protease Pb92 from Bacillus Alcalophilus
著者: Fogh, R. / Schipper, D. / Boelens, R. / Kaptein, R.
履歴
登録1997年4月11日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE PROTEASE PB92


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7451
ポリマ－26,7451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 20NO NOE AND H-BOND VIOLATIONS > 0.5 A
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 SERINE PROTEASE PB92


分子量: 26745.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITED BY DFP
由来: (組換発現) Bacillus alcalophilus (バクテリア)
株: PB92 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P27693

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N NOESY-HSQC
1213D 13C NOESY-HSQC

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試料調製

試料状態pH: 5 / 温度: 315 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS 750 / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS 750 / 磁場強度: 750 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: DGSA / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL REFERENCE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE AND H-BOND VIOLATIONS > 0.5 A
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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