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- PDB-1adq: CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN IGM RHEUMATOID FACTOR FAB IN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1adq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN IGM RHEUMATOID FACTOR FAB IN COMPLEX WITH ITS AUTOANTIGEN IGG FC
要素
  • IGG4 REA FC
  • IGM-LAMBDA RF-AN FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGM-LAMBDA RF-AN FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードCOMPLEX (IMMUNOGLOBULIN/AUTOANTIGEN) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-AUTOANTIGEN) / RHEUMATOID FACTOR AUTO-ANTIBODY COMPLEX / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-AUTOANTIGEN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis ...IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Corper, A.L. / Taussig, M.J. / Sutton, B.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of human IgM rheumatoid factor Fab bound to its autoantigen IgG Fc reveals a novel topology of antibody-antigen interaction.
著者: Corper, A.L. / Sohi, M.K. / Bonagura, V.R. / Steinitz, M. / Jefferis, R. / Feinstein, A. / Beale, D. / Taussig, M.J. / Sutton, B.J.
#1: ジャーナル: Immunology / 年: 1996
タイトル: Crystallization of a Complex between the Fab Fragment of a Human Immunoglobulin M (Igm) Rheumatoid Factor (Rf-an) and the Fc Fragment of Human Igg4
著者: Sohi, M.K. / Corper, A.L. / Wan, T. / Steinitz, M. / Jefferis, R. / Beale, D. / He, M. / Feinstein, A. / Sutton, B.J. / Taussig, M.J.
履歴
登録1997年2月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG4 REA FC
L: IGM-LAMBDA RF-AN FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGM-LAMBDA RF-AN FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7183
ポリマ－70,7183
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.350, 81.950, 64.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 IGG4 REA FC


分子量: 23484.457 Da / 分子数: 1 / 断片: FC / 由来タイプ: 天然
詳細: ISOLATED FROM THE SERA OF PATIENTS WITH MULTIPLE MYELOMA
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 参照: UniProt: P01861
#2: 抗体 IGM-LAMBDA RF-AN FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 22567.885 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然
詳細: RF-AN CELL LINE WAS PREPARED FROM PERIPHERAL BLOOD LYMPHOCYTES OF AN RA PATIENT BY TRANSFORMATION WITH EPSTEIN-BARR VIRUS
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: RF-AN / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR
#3: 抗体 IGM-LAMBDA RF-AN FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 24665.742 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然
詳細: RF-AN CELL LINE WAS PREPARED FROM PERIPHERAL BLOOD LYMPHOCYTES OF AN RA PATIENT BY TRANSFORMATION WITH EPSTEIN-BARR VIRUS
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: RF-AN / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. THE HANGING DROPS CONSISTED OF 2UL OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING EACH PROTEIN AT 1MG/ML IN 0.1 % SODIUM AZIDE, 20MM TRIS-HCL AT PH 7.0, ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. THE HANGING DROPS CONSISTED OF 2UL OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING EACH PROTEIN AT 1MG/ML IN 0.1 % SODIUM AZIDE, 20MM TRIS-HCL AT PH 7.0, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION TO BE SCREENED. CRYSTALS WERE OBTAINED WITH RESERVOIR SOLUTIONS CONTAINING 17.5 - 22.5 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (MEAN MW 8000) IN 0.1 % SODIUM AZIDE, 100MM TRIS-HCL, PH 7.0, AT TEMPERATURES BETWEEN 17.5 AND 21.5 (CELSIUS)., vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: APPROX. / Temp details: 290.5 - 294.5
結晶化
*PLUS
温度: 17.5-21.5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mg/mlprotein1drop
20.1 %1dropNaN3
320 mMTris-HCl1drop
417.5-22.5 %(w/v)PEG80001reservoir
50.1 %1reservoirNaN3
6100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→15 Å / Num. obs: 14109 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.31 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FC1, 2IG2

1fc1

2ig2


解像度: 3.15→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 80 / Isotropic thermal model: GROUPED B-FACTOR REFINEMENT / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DISORDERED REGION A263-A300 WAS MODELED STEREOCHEMICALLY. FAB IN COMPLEX WITH ITS AUTOANTIGEN IGG FC. CONSTANT DOMAINS OF RF-AN SHOWED SIGNIFICANT DISORDER AND WERE PARTLY MODELED ...詳細: DISORDERED REGION A263-A300 WAS MODELED STEREOCHEMICALLY. FAB IN COMPLEX WITH ITS AUTOANTIGEN IGG FC. CONSTANT DOMAINS OF RF-AN SHOWED SIGNIFICANT DISORDER AND WERE PARTLY MODELED STEREOCHEMICALLY. RESIDUES L51 AND L171 OCCUR IN WELL DEFINED REGIONS OF THE STRUCTURE (OCCUPANCY = 1). BOTH OCCUR IN LOOP REGIONS AND CONTINUE TO HAVE DISALLOWED PHI/PSI VALUES EVEN AFTER REBUILDING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 756 5.6 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 11603 86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4977 0 0 0 4977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.47
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 53 3.9 %
Rwork0.288 902 -
obs--70.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.47
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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