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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1adi | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE AT PH 6.5 AND 25 DEGREES CELSIUS | ||||||
要素 | ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE | ||||||
キーワード | LIGASE / PURINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / GTP-HYDROLYZING ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding ...adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding / magnesium ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Silva, M.M. / Poland, B.W. / Hoffman, C.M. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Refined crystal structures of unligated adenylosuccinate synthetase from Escherichia coli. 著者: Silva, M.M. / Poland, B.W. / Hoffman, C.R. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Adenylosuccinate Synthetase from Escherichia Coli. Evidence for Convergent Evolution of GTP-Binding Domains 著者: Poland, B.W. / Silva, M.M. / Serra, M.A. / Cho, Y. / Kim, K.H. / Harris, E.M. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1adi.cif.gz | 232 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1adi.ent.gz | 189.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1adi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1adi_validation.pdf.gz | 379.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1adi_full_validation.pdf.gz | 408.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1adi_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1adi_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/1adi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/1adi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.98902, 0.01348, -0.14717), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47269.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) 株: PUR A STRAIN H1238 (A GIFT FROM DR. B. BACHMAN (GENETIC CENTER, YALE UNIVERSITY)) 参照: UniProt: P0A7D4, adenylosuccinate synthase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 104085 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.24 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS Num. obs: 32170 / Num. measured all: 104085 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→5 Å / σ(F): 0 詳細: THERE ARE TWO REGIONS THAT ARE DISORDERED CONSISTING OF RESIDUES 121 - 130 AND 298 - 303.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'X-PLOR' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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