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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1abs | ||||||
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タイトル | PHOTOLYSED CARBONMONOXY-MYOGLOBIN AT 20 K | ||||||
![]() | MYOGLOBIN | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE / INTERMEDIATE IN LIGAND BINDING / RESPIRATORY PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schlichting, I. / Berendzen, J. / Phillips Jr., G.N. / Sweet, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of photolysed carbonmonoxy-myoglobin. 著者: Schlichting, I. / Berendzen, J. / Phillips Jr., G.N. / Sweet, R.M. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Myoglobin from a Synthetic Gene 著者: Phillips Jr., G.N. / Arduini, R.M. / Springer, B.A. / Sligar, S.G. #2: ![]() タイトル: High-Level Expression of Sperm Whale Myoglobin in Escherichia Coli 著者: Springer, B.A. / Sligar, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 821.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 825.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2mgkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17365.164 Da / 分子数: 1 / 変異: D122N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEME BOUND TO HIS-93, PHOTOLYSED CO ATOP HEME 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CMO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 % 解説: DATA WERE COLLECTED UNDER CONTINUOUS ILLUMINATION USING AN OPEN FLOW HELIUM CRYOSTAT FOR COOLING. | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3.6 M AMMONIUM SULFATE. CRYSTALS WER SOAKED FOR 1 HOUR IN A THOROUGHLY DEGASSED AND N2 - SATURATED CRYOPROTECTANT SOLUTION MADE BY ADDITION OF 100 MG SUCROSE, ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3.6 M AMMONIUM SULFATE. CRYSTALS WER SOAKED FOR 1 HOUR IN A THOROUGHLY DEGASSED AND N2 - SATURATED CRYOPROTECTANT SOLUTION MADE BY ADDITION OF 100 MG SUCROSE, 100 MG GLUCOSE AND 8 MG NA-DITHIONATE TO 1 ML OF 70% SATURATED AMMONIUM SULFATE WITH 50 MM TRIS. HCL PH 9.0. THEN THE SOLUTION WAS EXCHANGED AGAINST A CO SATURATED ONE. DISTINCT COLOR CHANGES ACCOMPANIED THE FORMATION OF UNLIGATED MYOGLOBIN FROM MET-MB AND MBCO FROM UNLIGATED MB. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 20 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1994年3月1日 / 詳細: YES |
放射 | モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 30947 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.7 Å / % possible all: 78 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 93946 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: 2MGK 解像度: 1.5→7 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 詳細: HEME PARAMETERS WERE RELAXED TO ALLOW FOR REFINEMENT OF UNLIGATED, PHOTOLYSED, AND CO-BOUND COMPLEX.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 6.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 7 Å / Luzzati sigma a obs: 0.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: N.A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.57 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor all: 0.263 |