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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aa6 | ||||||
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タイトル | REDUCED FORM OF FORMATE DEHYDROGENASE H FROM E. COLI | ||||||
![]() | FORMATE DEHYDROGENASE H | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SELENIUM / SELENOCYSTEINE / SECYS / MOLYBDENUM / MOLYBDOPTERIN / MPT / MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE / MGD / IRON SULFUR CLUSTER / FE4S4 / FORMATE / DEHYDROGENASE / ANAEROBIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() formate dehydrogenase (hydrogenase) / formate oxidation / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors / formate dehydrogenase complex / formate dehydrogenase (NAD+) activity / glucose catabolic process / anaerobic electron transport chain / : / urate catabolic process / molybdopterin cofactor binding ...formate dehydrogenase (hydrogenase) / formate oxidation / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors / formate dehydrogenase complex / formate dehydrogenase (NAD+) activity / glucose catabolic process / anaerobic electron transport chain / : / urate catabolic process / molybdopterin cofactor binding / cellular respiration / anaerobic respiration / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, P.D. / Boyington, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of formate dehydrogenase H: catalysis involving Mo, molybdopterin, selenocysteine, and an Fe4S4 cluster. 著者: Boyington, J.C. / Gladyshev, V.N. / Khangulov, S.V. / Stadtman, T.C. / Sun, P.D. #1: ![]() タイトル: Characterization of Crystalline Formate Dehydrogenase H from Escherichia Coli. Stabilization, Epr Spectroscopy, and Preliminary Crystallographic Analysis 著者: Gladyshev, V.N. / Boyington, J.C. / Khangulov, S.V. / Grahame, D.A. / Stadtman, T.C. / Sun, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79465.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REDUCED FORM (MO(IV),FE4S4(RED)) OF FDH-H / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-4MO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: vapor diffusion - hanging drop in an anaerobic atmosphere pH: 7.5 詳細: FDH-H WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION IN AN ANAEROBIC ATMOSPHERE IN THE PRESENCE OF 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 1% PEG 400, 20 MM SODIUM FORMATE AND 100 MM HEPES/NAOH AT PH 7.5, ...詳細: FDH-H WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION IN AN ANAEROBIC ATMOSPHERE IN THE PRESENCE OF 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 1% PEG 400, 20 MM SODIUM FORMATE AND 100 MM HEPES/NAOH AT PH 7.5, vapor diffusion - hanging drop in an anaerobic atmosphere | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0402 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 36025 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 26.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / % possible all: 65 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 169244 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.269 |