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万見
- PDB-1a9w: HUMAN EMBRYONIC GOWER II CARBONMONOXY HEMOGLOBIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a9w
タイトルHUMAN EMBRYONIC GOWER II CARBONMONOXY HEMOGLOBIN
要素
  • HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
  • HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to organic cyclic compound / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / peroxidase activity / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit epsilon / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sutherland-Smith, A.J. / Baker, H.M. / Hofmann, O.M. / Brittain, T. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a human embryonic haemoglobin: the carbonmonoxy form of gower II (alpha2 epsilon2) haemoglobin at 2.9 A resolution.
著者: Sutherland-Smith, A.J. / Baker, H.M. / Hofmann, O.M. / Brittain, T. / Baker, E.N.
履歴
登録1998年4月11日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
E: HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
C: HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
F: HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,06812
ポリマ－62,4904
非ポリマー2,5788
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11560 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area23350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.800, 62.800, 320.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.24491, -0.87348, -0.42078), (-0.87586, 0.0132, 0.48238), (-0.41579, 0.48669, -0.76828)64.31423, 8.04574, 99.26502
2given(-0.2293, -0.87966, -0.41667), (-0.89043, 0.01667, 0.45481), (-0.39313, 0.47531, -0.7871)63.93441, 9.52063, 100.20728

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HUMAN GOWER II EMBRYONIC HEMOGLOBIN / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRMAE389 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): GSY112 / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)


分子量: 16094.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HUMAN GOWER II EMBRYONIC HEMOGLOBIN / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRMAE389 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): GSY112 / 参照: UniProt: P02100
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化手法: microseeding, macroseeding used to increase crystal size
pH: 8.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 21% MME-PEG 5000, 0.2M TAPS/ KOH, PH 8.5, 2MM DITHIONITE. THEN MICROSEEDING AND MACROSEEDING USED TO INCREASE CRYSTAL SIZE, microseeding and macroseeding used to ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 21% MME-PEG 5000, 0.2M TAPS/ KOH, PH 8.5, 2MM DITHIONITE. THEN MICROSEEDING AND MACROSEEDING USED TO INCREASE CRYSTAL SIZE, microseeding and macroseeding used to increase crystal size
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein1drop
20.01 MHEPES1drop
32 mMdithionite1drop
40.2 MTAPS-KOH1reservoir
521 %(w/v)MME PEG50001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日 / 詳細: 0.3 MM COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 14645 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 61.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 76.3
反射
*PLUS
Num. obs: 14597 / Num. measured all: 118919
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.6 % / Rmerge(I) obs: 0.417

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TFFCモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
TFFC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BBB

1bbb


解像度: 2.9→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001
Isotropic thermal model: ONE B FOR MAIN CHAIN ATOM B FOR SIDE CHAIN ATOMS
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: TNT-5E ALSO USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1485 10.2 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 14598 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---2.83 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4234 0 180 0 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION0.0151000
22X-RAY DIFFRACTION0.0481000
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 137 10 %
Rwork0.294 1232 -
obs--76.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2HEM.PROHEM.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.186 / Rfactor Rfree: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.1
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.97 Å / Rfactor Rfree: 0.366 / Rfactor obs: 0.301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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