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- PDB-1a87: COLICIN N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a87
タイトルCOLICIN N
要素COLICIN N
キーワードBACTERIOCIN / TOXIN / PORE-FORMING ACTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / transmembrane transporter binding / defense response to bacterium / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Colicin / Colicin / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Globin-like / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...Colicin / Colicin / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Globin-like / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vetter, I.R. / Parker, M.W. / Tucker, A.D. / Lakey, J.H. / Pattus, F. / Tsernoglou, D.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a colicin N fragment suggests a model for toxicity.
著者: Vetter, I.R. / Parker, M.W. / Tucker, A.D. / Lakey, J.H. / Pattus, F. / Tsernoglou, D.
#1: ジャーナル: Protein Toxin Structure / 年: 1996
タイトル: Insights Into Membrane Insertion Based on Studies of Colicins
著者: Vetter, I.R. / Parker, M.W. / Pattus, F. / Tsernoglou, D.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1993
タイトル: Characterization of the Receptor and Translocator Domains of Colicin N
著者: El Kouhen, R. / Fierobe, H.P. / Scianimanico, S. / Steiert, M. / Pattus, F. / Pages, J.M.
#3: ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 1990
タイトル: Colicin N Forms Voltage-and Ph-Dependent Channels in Planar Lipid Bilayer Membranes
著者: Wilmsen, H.U. / Pugsley, A.P. / Pattus, F.
#4: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1990
タイトル: Involvement of Ompf During Reception and Translocation Steps of Colicin N Entry
著者: Bourdineaud, J.P. / Fierobe, H.P. / Lazdunski, C. / Pages, J.M.
#5: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1987
タイトル: Nucleotide Sequencing of the Structural Gene for Colicin N Reveals Homology between the Catalytic, C-Terminal Domains of Colicins a and N
著者: Pugsley, A.P.
履歴
登録1998年4月3日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLICIN N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1461
ポリマ－35,1461
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)187.300, 187.300, 187.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 COLICIN N


分子量: 35146.270 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEPTOR-BINDING AND PORE-FORMING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / Variant: BZB 1019 / プラスミド: PCHAP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08083
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7 / PH range high: 5.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMphosphate1reservoir
360 %(w/v)satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.009
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→22.7 Å / Num. obs: 10644 / % possible obs: 93.5 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 33.07
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GROPATモデル構築
TNT5E精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
GROPAT位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.1→23 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: POSTERIORI / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 1037 10 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all-10644 --
obs-10644 93.5 %-
溶媒の処理Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2311 0 0 55 2366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0070.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3
X-RAY DIFFRACTIONt_it34.61
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5EB / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg0
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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