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- PDB-1a7m: LEUKAEMIA INHIBITORY FACTOR CHIMERA (MH35-LIF), NMR, 20 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a7m
タイトルLEUKAEMIA INHIBITORY FACTOR CHIMERA (MH35-LIF), NMR, 20 STRUCTURES
要素LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR
キーワードCYTOKINE / FOUR HELICAL BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


spongiotrophoblast differentiation / leukemia inhibitory factor receptor binding / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / muscle organ morphogenesis / trophoblast giant cell differentiation / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation ...spongiotrophoblast differentiation / leukemia inhibitory factor receptor binding / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / muscle organ morphogenesis / trophoblast giant cell differentiation / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of hormone secretion / lung vasculature development / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / lung lobe morphogenesis / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / lung alveolus development / regulation of cell differentiation / decidualization / somatic stem cell population maintenance / blood vessel remodeling / neuron development / maternal process involved in female pregnancy / embryo implantation / cytokine activity / stem cell differentiation / growth factor activity / lung development / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell morphogenesis / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / gene expression / response to hypoxia / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / immune response / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukemia inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Hinds, M.G. / Maurer, T. / Zhang, J.-G. / Nicola, N.A. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of leukemia inhibitory factor.
著者: Hinds, M.G. / Maurer, T. / Zhang, J.G. / Nicola, N.A. / Norton, R.S.
履歴
登録1998年3月16日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8231
ポリマ－19,8231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR / LIF


分子量: 19822.939 Da / 分子数: 1 / 変異: T107S, Q112H, V113S, A155V, R158K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MURINE-HUMAN CHIMERA / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 断片: RESIDUES 48-81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM522 / 参照: UniProt: P09056
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-NOESY-HSQC
12115N-TOCSY-HSQC
13113C-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N LABELLED MH35 LEUKAEMIA INHIBITORY FACTOR

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試料調製

詳細内容: H2O
試料状態イオン強度: 1 mM / pH: 4.4 / 圧: AMBIENT / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
X-PLORモデル構築
DYANA精密化
X-PLOR精密化
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
DYANA構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RESTRAINED SIMULATED ANNEALING OF DYANA STRUCTURES
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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