+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a7k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GLYCOSOMAL GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE IN A MONOCLINIC CRYSTAL FORM | ||||||
要素 | GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE / GLYCOSOME / TRYPANOSOME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glycosome / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, H. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of Leishmania mexicana glycosomal glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase in a new crystal form confirms the putative physiological active site structure. 著者: Kim, H. / Hol, W.G. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of Glycosomal Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Leishmania Mexicana: Implications for Structure-Based Drug Design and a New Position for the Inorganic Phosphate Binding Site 著者: Kim, H. / Feil, I.K. / Verlinde, C.L. / Petra, P.H. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a7k.cif.gz | 276.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1a7k.ent.gz | 228.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a7k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a7k_validation.pdf.gz | 687.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1a7k_full_validation.pdf.gz | 726.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a7k_validation.xml.gz | 34.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a7k_validation.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a7k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999472, 0.030711, -0.010656), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38953.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ONE BOUND NAD AND TWO BOUND PHOSPHATES PER MONOMER 由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) 細胞株: BL21 / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS 参照: UniProt: Q27890, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: VAPOR DIFFUSION: 100 MM SODIUM PHOSPHATE, 27.5% PEG-1000 PH 7.0 (PH ADJUSTED WITH 100 MM CITRIC ACID), vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 28710 / % possible obs: 81 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rsym value: 0.071 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.481 / % possible all: 81 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 78266 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.481 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: TRYPANOSOMA BRUCEI GAPDH 解像度: 2.8→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.8 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.338 |