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万見
- PDB-1a7h: GAMMA S CRYSTALLIN C-TERMINAL DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a7h
タイトルGAMMA S CRYSTALLIN C-TERMINAL DOMAIN
要素GAMMAS CRYSTALLIN
キーワードEYE-LENS PROTEIN / GAMMA CRYSTALLIN S / EYE LENS PROTEIN / MULTIGENE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin S
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Basak, A.K. / Slingsby, C.
引用ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1998
タイトル: The C-terminal domains of gammaS-crystallin pair about a distorted twofold axis.
著者: Basak, A.K. / Kroone, R.C. / Lubsen, N.H. / Naylor, C.E. / Jaenicke, R. / Slingsby, C.
履歴
登録1998年3月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMAS CRYSTALLIN
B: GAMMAS CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6402
ポリマ－20,6402
非ポリマー00
水90150
1
A: GAMMAS CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3201
ポリマ－10,3201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GAMMAS CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3201
ポリマ－10,3201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.250, 62.250, 170.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.35584, -0.08497, -0.93068), (-0.60532, -0.73777, 0.2988), (-0.71202, 0.66968, 0.21109)
ベクター: 103.14307, 54.72361, 51.32024)
詳細THE PROTEIN IN THE CRYSTAL LATTICE IS A DIMER. IN DILUTE SOLUTION IT IS A MONOMER. THERE IS NO NATURALLY OCCURRING BIOLOGICAL EQUIVALENT.

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要素

#1: タンパク質 GAMMAS CRYSTALLIN


分子量: 10319.770 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 変異: Q87M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: CRYGS / 器官: EYE / Organelle: EYE-LENS / プラスミド: BL21 / 遺伝子 (発現宿主): CRYGS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P06504
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: TAKEN FROM WHOLE STRUCTURE.
結晶化pH: 5
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 5MGS/ML. 0.1M NA-CITRATE, PH 5.0, 20-22%(W/V) PEG8K, 2% 1,4-DIOXANE, AT ROOM-TEMPERATURE.
Temp details: room temp
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
225 mMMes/NaOH1drop
311 %(w/v)PEG80001reservoir
4Na-citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: PLATINUM VERTICAL MIRROR
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→45.64 Å / Num. obs: 6716 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 17.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 33311
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: GAMMA B C-TERMINAL

解像度: 2.56→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 434 6 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 6709 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.48 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 30 Å / Luzzati sigma a obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1444 0 0 50 1494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.13
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.571.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.63
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.572.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.65
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED / Rms dev position: 0.406 Å / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.68 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 56 7 %
Rwork0.276 738 -
obs--97.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.13
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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