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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a79 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRNA SPLICING ENDONUCLEASE FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII | ||||||
![]() | TRNA ENDONUCLEASE | ||||||
![]() | ENDONUCLEASE / TRNA ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Trotta, C.R. / Abelson, J.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and evolution of a transfer RNA splicing enzyme. 著者: Li, H. / Trotta, C.R. / Abelson, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 403.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19745.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-AU / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 6 / PH range high: 5.5 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月7日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 75778 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 10.3 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.167 / % possible all: 65.4 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 165549 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.28→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.302 |