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- PDB-1a75: WHITING PARVALBUMIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a75
タイトルWHITING PARVALBUMIN
要素(PARVALBUMIN) x 2
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN / MUSCLE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Merlangius merlangus (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Declercq, J.P. / Baneres, J.L. / Rambaud, J. / Parello, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Tertiary Structure of a Trp-Containing Parvalbumin from Whiting (Merlangius Merlangus). Description of the Hydrophobic Core
著者: Declercq, J.P. / Baneres, J.L. / Rambaud, J. / Parello, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of a New Crystal Form of Pike 4.10 Beta Parvalbumin
著者: Declercq, J.P. / Tinant, B. / Parello, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Unique Parvalbumin Component from Muscle of the Leopard Shark (Triakis Semifasciata). The First X-Ray Study of an Alpha-Parvalbumin
著者: Roquet, F. / Declercq, J.P. / Tinant, B. / Rambaud, J. / Parello, J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Ionic Interactions with Parvalbumins. Crystal Structure Determination of Pike 4.10 Parvalbumin in Four Different Ionic Environments
著者: Declercq, J.P. / Tinant, B. / Parello, J. / Rambaud, J.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal Structure Determination and Refinement of Pike 4.10 Parvalbumin (Minor Component from Esox Lucius)
著者: Declercq, J.P. / Tinant, B. / Parello, J. / Etienne, G. / Huber, R.
履歴
登録1998年3月19日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PARVALBUMIN
B: PARVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8586
ポリマ－22,6982
非ポリマー1604
水4,234235
1
A: PARVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4163
ポリマ－11,3361
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PARVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4423
ポリマ－11,3621
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.730, 27.590, 98.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9998, -0.0184, 0.0012), (-0.0183, -0.9966, -0.0801), (0.0027, 0.0801, -0.9968)
ベクター: 18.792, 37.602, 146.166)

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要素

#1: タンパク質 PARVALBUMIN


分子量: 11335.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Merlangius merlangus (魚類) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P02621
#2: タンパク質 PARVALBUMIN


分子量: 11361.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Merlangius merlangus (魚類) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P02621
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: SITTING DROP. RESERVOIR: 1 ML 2.1M NAH2PO4/NA2HPO4 (PH 6.0) 0.7M (NH4)2SO4, 0.02%(W/V) NAN3 DROP: 10 MICROL. PROTEIN SOLUTION (15MG/ML) +10 MICROL. RESERVOIR SOLUTION., vapor diffusion - sitting drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→12 Å / Num. obs: 12412 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 1.54 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.48 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.12 / % possible all: 73.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5CPV

5cpv


解像度: 1.9→12 Å / Num. parameters: 7243 / Num. restraintsaints: 7757 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
Rfactor反射数%反射
all0.2139 12412 -
obs0.2139 -82.2 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1810
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1568 0 7 235 1810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.311
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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