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- PDB-1a6z: HFE (HUMAN) HEMOCHROMATOSIS PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a6z
タイトルHFE (HUMAN) HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HFE
キーワードMHC CLASS I COMPLEX / HFE / HEREDITARY HEMOCHROMATOSIS / MHC CLASS I
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / response to iron ion starvation / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of signaling receptor activity / hormone biosynthetic process / : / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / transferrin receptor binding / co-receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling ...negative regulation of antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / response to iron ion starvation / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of signaling receptor activity / hormone biosynthetic process / : / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / transferrin receptor binding / co-receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / regulation of protein localization to cell surface / basal part of cell / response to iron ion / positive regulation of peptide hormone secretion / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / BMP signaling pathway / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / recycling endosome / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / apical part of cell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / protein-containing complex assembly / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Hereditary hemochromatosis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lebron, J.A. / Bennett, M.J. / Vaughn, D.E. / Chirino, A.J. / Snow, P.M. / Mintier, G.A. / Feder, J.N. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the hemochromatosis protein HFE and characterization of its interaction with transferrin receptor.
著者: Lebron, J.A. / Bennett, M.J. / Vaughn, D.E. / Chirino, A.J. / Snow, P.M. / Mintier, G.A. / Feder, J.N. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録1998年3月4日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HFE
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: HFE
D: BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1754
ポリマ－88,1754
非ポリマー00
水41423
1
A: HFE
B: BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0882
ポリマ－44,0882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
2
C: HFE
D: BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0882
ポリマ－44,0882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.800, 100.100, 147.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00324, 0.99996, -0.008301), (0.999973, -0.003186, 0.006559), (0.006533, -0.008322, -0.999944)-33.392, 33.554, 17.7
2given(-0.021022, 0.999737, 0.009124), (0.999776, 0.020998, 0.00272), (0.002527, 0.009179, -0.999955)-33.179, 32.036, 17.831

-
要素

#1: タンパク質 HFE


分子量: 32339.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HFE / 器官: OVARY / 細胞株 (発現宿主): CHO / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q30201
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: OVARY / 参照: UniProt: P61769
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 5.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contained 1:1 mixture of protein and reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 mg/mlprotein1drop
216 %(w/v)PEG40001reservoir
30.4 Mammonium acetate1reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.07
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→15 Å / Num. obs: 187780 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 67.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97
反射
*PLUS
Num. obs: 32145 / Num. measured all: 188780
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.857精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CLR

2clr


解像度: 2.6→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1555 4.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 31770 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.72 Å20 Å20 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3---18.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6076 0 0 23 6099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.131
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.331.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.21.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it9.932
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED / Rms dev Biso : 7.4 Å2 / Rms dev position: 0.02 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 191 5 %
Rwork0.399 3665 -
obs--97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.857 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.67
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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