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- PDB-1a6c: STRUCTURE OF TOBACCO RINGSPOT VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a6c
タイトルSTRUCTURE OF TOBACCO RINGSPOT VIRUS
要素TOBACCO RINGSPOT VIRUS CAPSID PROTEIN
キーワードVIRUS / TRSV / NEPOVIRUS / VIRUS STRUCTURE / VIRUS EVOLUTION / PICORNAVIRUS SUPERFAMILY / VIRUS CAPSID PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Nepovirus coat protein / Nepovirus coat protein, C-terminal / Nepovirus coat protein, N-terminal / Nepovirus coat protein, central domain / Nepovirus coat protein, C-terminal domain / Nepovirus coat protein, N-terminal domain / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Tobacco ringspot virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Johnson, J.E. / Chandrasekar, V.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The structure of tobacco ringspot virus: a link in the evolution of icosahedral capsids in the picornavirus superfamily.
著者: Chandrasekar, V. / Johnson, J.E.
#1: ジャーナル: Virology / 年: 1995
タイトル: Expression of Tobacco Ringspot Virus Capsid Protein and Satellite RNA in Insect Cells and Three-Dimensional Structure of Tobacco Ringspot Virus-Like Particles
著者: Singh, S. / Rothnagel, R. / Prasad, B.V. / Buckley, B.
#2: ジャーナル: Virus Res. / 年: 1995
タイトル: Erratum. Nucleotide Sequence and in Vitro Expression of the Capsid Protein Gene of Tobacco Ringspot Virus
著者: Buckley, B. / Silva, S. / Singh, S.
#3: ジャーナル: Virus Res. / 年: 1993
タイトル: Nucleotide Sequence and in Vitro Expression of the Capsid Protein Gene of Tobacco Ringspot Virus
著者: Buckley, B. / Silva, S. / Singh, S.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Protein-RNA Interactions in an Icosahedral Virus at 3.0 A Resolution
著者: Chen, Z.G. / Stauffacher, C. / Li, Y. / Schmidt, T. / Bomu, W. / Kamer, G. / Shanks, M. / Lomonossoff, G. / Johnson, J.E.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
履歴
登録1998年2月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TOBACCO RINGSPOT VIRUS CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9941
ポリマ－56,9941
非ポリマー00
水00
1
A: TOBACCO RINGSPOT VIRUS CAPSID PROTEIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,419,61960
ポリマ－3,419,61960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: TOBACCO RINGSPOT VIRUS CAPSID PROTEIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 285 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,9685
ポリマ－284,9685
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: TOBACCO RINGSPOT VIRUS CAPSID PROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 342 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,9626
ポリマ－341,9626
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: TOBACCO RINGSPOT VIRUS CAPSID PROTEIN
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.71 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,709,80930
ポリマ－1,709,80930
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)407.060, 399.680, 285.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.33355445, -0.85735106, 0.39198756), (0.72047793, 0.5, 0.48057056), (-0.60801255, 0.12211636, 0.78447952)
3generate(-0.7447773, -0.6667807, 0.02623772), (0.30836465, -0.30901699, 0.89970144), (-0.59179655, 0.67813618, 0.43576031)
4generate(-0.74477743, 0.30834932, -0.59179565), (-0.66681329, -0.30901699, 0.678168), (0.02623803, 0.89965896, 0.43576045)
5generate(0.33355423, 0.72044246, -0.60801146), (-0.85739312, 0.5, 0.12212193), (0.39198842, 0.48054775, 0.78447975)
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7generate(0.21602391, -0.22152278, -0.95092432), (-0.97517795, -0.22153344), (0.0490747, 0.97513102, -0.21602391)
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9generate(0.33355423, -0.72044246, -0.60801146), (0.85739312, 0.5, -0.12212193), (0.39198842, -0.48054775, 0.78447975)
10generate(-0.03812578, -0.72044246, -0.69244688), (0.72047793, -0.5, 0.48057056), (-0.6924481, -0.48054775, 0.53812578)
11generate(-0.92736226, -0.30834932, 0.21193179), (-0.30836465, 0.30901699, -0.89970144), (0.21193233, -0.89965896, -0.38165473)
12generate(-0.66034189, 0.6667807, -0.34544191), (0.66681329, 0.30901699, -0.678168), (-0.34544258, -0.67813618, -0.6486751)
13generate(0.47017382, 0.85735106, -0.20940274), (0.85739312, -0.5, -0.12212193), (-0.20940346, -0.12211636, -0.97017382)
14generate(0.90185059, 0.43204782), (-1), (0.43204826, -0.90185059)
15generate(0.03812578, -0.72044246, 0.69244688), (-0.72047793, -0.5, -0.48057056), (0.6924481, -0.48054775, -0.53812578)
16generate(0.21602413, 0.97513002, 0.0490747), (0.22153344, -0.97517695), (-0.95092627, 0.22152278, -0.21602413)
17generate(0.74477743, 0.30834932, 0.59179565), (0.66681329, -0.30901699, -0.678168), (-0.02623803, 0.89965896, -0.43576045)
18generate(0.11076353, -0.41209313, 0.90437867), (0.41211327, -0.80901699, -0.41913088), (0.90438043, 0.41911121, 0.08021948)
19generate(-0.80983193, -0.19057036, 0.55484465), (-0.19057983, -0.80901699, -0.55604607), (0.55484605, -0.55601981, 0.61884892)
20generate(-0.7447773, 0.6667807, 0.02623772), (-0.30836465, -0.30901699, -0.89970144), (-0.59179655, -0.67813618, 0.43576031)
21generate(-0.49062774, 0.19057036, -0.8502731), (-0.41211327, 0.80901699, 0.41913088), (0.76776084, 0.55601981, -0.31838924)
22generate(0.49062739, 0.41209313, -0.7677593), (0.19057983, 0.80901699, 0.55604607), (0.85027471, -0.41911121, 0.31838961)
23generate(0.92736226, -0.30834932, -0.21193179), (0.30836465, 0.30901699, 0.89970144), (-0.21193233, -0.89965896, 0.38165473)
24generate(0.21602413, -0.97513002, 0.0490747), (-0.22153344, 0.97517695), (-0.95092627, -0.22152278, -0.21602413)
25generate(-0.66034189, -0.6667807, -0.34544191), (-0.66681329, 0.30901699, 0.678168), (-0.34544258, 0.67813618, -0.6486751)
26generate(-0.47017382, 0.85735106, 0.20940274), (-0.85739312, -0.5, 0.12212193), (0.20940346, -0.12211636, 0.97017382)
27generate(0.33355445, 0.85735106, 0.39198756), (-0.72047793, 0.5, -0.48057056), (-0.60801255, -0.12211636, 0.78447952)
28generate(0.49062774, 0.19057036, 0.8502731), (0.41211327, 0.80901699, -0.41913088), (-0.76776084, 0.55601981, 0.31838924)
29generate(-0.21602391, -0.22152278, 0.95092432), (0.97517795, 0.22153344), (-0.0490747, 0.97513102, 0.21602391)
30generate(-0.80983193, 0.19057036, 0.55484465), (0.19057983, -0.80901699, 0.55604607), (0.55484605, 0.55601981, 0.61884892)

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要素

#1: タンパク質 TOBACCO RINGSPOT VIRUS CAPSID PROTEIN / TRSV


分子量: 56993.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tobacco ringspot virus (ウイルス) / 属: Nepovirus / 株: XANTHI-NC / 参照: UniProt: Q88894

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 27

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: VIRUS WAS CRYSTALLIZED USING HANGING DROP SETTING FROM RESERVOIR BUFFER CONTAINING 2-3% (W/V) PEG 3350, 1MM SODIUM AZIDE AND 0.125 M POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.5, pH 6.0, vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 2-3 % / 一般名: PEG MW 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 92395 / % possible obs: 18 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.15
反射 シェル解像度: 3.5→4 Å / % possible all: 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RAVEモデル構築
X-PLOR3.1精密化
PURDUE(OSC)データ削減
PROGRAMSDEVELOPED BY M. G. ROSSMANN AT PURDUE UNIVERSITYデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURE OF COMOVIRUS CPMV

解像度: 3.5→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 1
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED TO 3.5 ANGSTROMS RESOLUTION USING ONLY 27% OF THE THEORETICALLY POSSIBLE UNIQUE REFLECTIONS BETWEEN 8.0 AND 3.5 ANGSTROMS. THERE ARE STILL SOME BOND ANGLES AND BOND ...詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED TO 3.5 ANGSTROMS RESOLUTION USING ONLY 27% OF THE THEORETICALLY POSSIBLE UNIQUE REFLECTIONS BETWEEN 8.0 AND 3.5 ANGSTROMS. THERE ARE STILL SOME BOND ANGLES AND BOND LENGTHS IN THE CRYSTAL STRUCTURE WHICH VARY BY GREATER THAN 3.0 RMSD FROM THEIR CORRESPONDING E & H VALUES. THESE HAVE NOT BEEN FIXED AT PRESENT.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.269 --
obs0.269 71615 27.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4888 0 0 0 4888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.64 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rwork0.324 3955
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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