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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a5l | ||||||
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タイトル | K217C VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE | ||||||
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![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (UREA AMIDO) / MUTANT / NICKEL METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Pearson, M.A. / Schaller, R.A. / Michel, L.O. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Chemical rescue of Klebsiella aerogenes urease variants lacking the carbamylated-lysine nickel ligand. 著者: Pearson, M.A. / Schaller, R.A. / Michel, L.O. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P. #1: ![]() タイトル: 70 Years of Crystalline Urease: What Have We Learned? 著者: Karplus, P.A. / Pearson, M.A. / Hausinger, R.P. #2: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Urease from Klebsiella Aerogenes 著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 変異: K217C, C319A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: UREA, UREB, UREC / プラスミド: PKAU17 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11125.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: UREA, UREB, UREC / プラスミド: PKAU17 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 60209.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: UREA, UREB, UREC / プラスミド: PKAU17 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 38169 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.288 / % possible all: 69 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 69 % / Rmerge(I) obs: 0.288 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 詳細: ALL NON-BONDED INTERACTIONS WERE REMOVED BETWEEN THE TWO ALTERNATE CONFORMATIONS OF HIS272 OF CHAIN C THE OCCUPANCIES FOR THE TWO ALTERNATE CONFORMATIONS OBSERVED FOR HIS 272 WERE REFINED ...詳細: ALL NON-BONDED INTERACTIONS WERE REMOVED BETWEEN THE TWO ALTERNATE CONFORMATIONS OF HIS272 OF CHAIN C THE OCCUPANCIES FOR THE TWO ALTERNATE CONFORMATIONS OBSERVED FOR HIS 272 WERE REFINED WITH A FIXED B-FACTOR OF 15 (ANGSTROMS)**2.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 10 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.259 |