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- PDB-1a3z: REDUCED RUSTICYANIN AT 1.9 ANGSTROMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a3z
タイトルREDUCED RUSTICYANIN AT 1.9 ANGSTROMS
要素RUSTICYANIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / CUPREDOXIN / METALLOPROTEIN / REDOX POTENTIAL / ACIDOPHILIC
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Rusticyanin / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Rusticyanin / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Rusticyanin / Rusticyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
手法X線回折 / PHASES TAKEN FROM THE OXIDIZED FORM, PDB ENTRY 1RCY / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhao, D. / Shoham, M.
引用
ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1998
タイトル: Rusticyanin: Extremes in acid stability and redox potential explained by the crystal structure.
著者: Zhao, D. / Shoham, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Multiple Wavelength Anomalous Diffraction (MAD) Crystal Structure of Rusticyanin: A Highly Oxidizing Cupredoxin with Extreme Acid Stability
著者: Walter, R.L. / Ealick, S.E. / Friedman, A.M. / Blake II, R.C. / Proctor, P. / Shoham, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: NMR Solution Structure of Cu(I) Rusticyanin from Thiobacillus Ferrooxidans: Structural Basis for the Extreme Acid Stability and Redox Potential
著者: Botuyan, M.V. / Toy-Palmer, A. / Chung, J. / Blake II, R.C. / Beroza, P. / Case, D.A. / Dyson, H.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of Rusticyanin from Thiobacillus Ferrooxidans
著者: Djebli, A. / Proctor, P. / Blake II, R.C. / Shoham, M.
履歴
登録1998年1月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUSTICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6332
ポリマ－16,5701
非ポリマー641
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.450, 60.590, 38.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RUSTICYANIN


分子量: 16569.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: REDUCED FORM
由来: (天然) Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 参照: UniProt: P24930, UniProt: P0C918*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AGAINST 100 MM-SODIUM CITRATE, PH 4.6, 200 MM LITHIUM CHLORIDE AND 25%(W/V) PEG 8000 AT 277K. CRYSTALS SOAKED IN 10MM DITHIONITE FOR 3 DAYS PRIOR TO DATA ...詳細: VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AGAINST 100 MM-SODIUM CITRATE, PH 4.6, 200 MM LITHIUM CHLORIDE AND 25%(W/V) PEG 8000 AT 277K. CRYSTALS SOAKED IN 10MM DITHIONITE FOR 3 DAYS PRIOR TO DATA COLLECTION., vapor diffusion - hanging drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ADSC / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 9718 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.969 Å / 冗長度: 1.42 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Rsym value: 0.199 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
ADSCデータ収集
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: PHASES TAKEN FROM THE OXIDIZED FORM, PDB ENTRY 1RCY
開始モデル: PDB ENTRY 1RCY

1rcy


解像度: 1.9→100 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 518 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 9664 87.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1135 0 0 85 1220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.042
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.984
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.24
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.579
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 52 5 %
Rwork0.312 990 -
obs--77.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPHCSDX.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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