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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a3f | ||||||
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タイトル | PHOSPHOLIPASE A2 (PLA2) FROM NAJA NAJA VENOM | ||||||
![]() | PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
![]() | CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE / PHOSPHOLIPASE / TRIMER / CALCIUM BINDING / ACTIVATOR SITE | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / signaling receptor binding / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Segelke, B.W. / Nguyen, D. / Chee, R. / Xuong, H.N. / Dennis, E.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of two novel crystal forms of Naja naja naja phospholipase A2 lacking Ca2+ reveal trimeric packing. 著者: Segelke, B.W. / Nguyen, D. / Chee, R. / Xuong, N.H. / Dennis, E.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13357.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295.5 K 詳細: UNBUFFERED 32.5% MONOMETHYL PEG 5K AND 0.17M SODIUM CITRATE AT 22.5 DEGREES C., temperature 295.5K | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 54 % | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22.5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→72.5 Å / Num. obs: 12166 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.69 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 73 |
反射 | *PLUS Num. obs: 9506 / % possible obs: 72.4 % / Num. measured all: 27711 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PSH 解像度: 2.65→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: POST REFINEMENT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight position: 250
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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