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- PDB-1a3f: PHOSPHOLIPASE A2 (PLA2) FROM NAJA NAJA VENOM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a3f
タイトルPHOSPHOLIPASE A2 (PLA2) FROM NAJA NAJA VENOM
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードCARBOXYLIC ESTER HYDROLASE / PHOSPHOLIPASE / TRIMER / CALCIUM BINDING / ACTIVATOR SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic phospholipase A2 2
類似検索 - 構成要素
生物種Naja naja (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Segelke, B.W. / Nguyen, D. / Chee, R. / Xuong, H.N. / Dennis, E.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structures of two novel crystal forms of Naja naja naja phospholipase A2 lacking Ca2+ reveal trimeric packing.
著者: Segelke, B.W. / Nguyen, D. / Chee, R. / Xuong, N.H. / Dennis, E.A.
履歴
登録1998年1月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
B: PHOSPHOLIPASE A2
C: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0743
ポリマ－40,0743
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.220, 73.480, 87.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.989962, -0.046274, -0.133546), (0.091075, -0.513694, 0.853126), (-0.10808, -0.856724, -0.504323)3.7611, 16.1484, 48.5878
2given(0.988566, 0.105218, -0.108015), (-0.039614, -0.509949, -0.859292), (-0.145495, 0.853746, -0.49995)-0.2017, 49.8843, 12.1503

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13357.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja naja (コブラ) / 細胞内の位置: VENOM SACK / 参照: UniProt: P15445, phospholipase A2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 295.5 K
詳細: UNBUFFERED 32.5% MONOMETHYL PEG 5K AND 0.17M SODIUM CITRATE AT 22.5 DEGREES C., temperature 295.5K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
温度: 22.5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
132.5 %mPEG50001reservoir
20.17 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→72.5 Å / Num. obs: 12166 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.69 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 73
反射
*PLUS
Num. obs: 9506 / % possible obs: 72.4 % / Num. measured all: 27711 / Rmerge(I) obs: 0.064

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
UCSDSOFTWAREデータ収集
UCSDSOFTWAREデータ削減
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
UCSDデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PSH

1psh


解像度: 2.65→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: POST REFINEMENT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1029 9.72 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 9506 72.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2784 0 0 0 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.49
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight position: 250

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight Biso
11RESTRAINTS001.25
220.4470.0541
330.5120.0911
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 81 10.7 %
Rwork0.229 674 -
obs--66.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDS.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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