+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a35 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HUMAN TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ISOMERASE/DNA / TOPOISOMERASE I/DNA) / DNA / TOPOISOMERASE I / ISOMERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation ...DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation / protein-DNA complex / circadian regulation of gene expression / P-body / fibrillar center / circadian rhythm / chromosome / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / peptidyl-serine phosphorylation / perikaryon / DNA replication / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Redinbo, M.R. / Stewart, L. / Kuhn, P. / Champoux, J.J. / Hol, W.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of human topoisomerase I in covalent and noncovalent complexes with DNA. 著者: Redinbo, M.R. / Stewart, L. / Kuhn, P. / Champoux, J.J. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 105.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 394.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 417.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6920.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 7094.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 70022.859 Da / 分子数: 1 / Fragment: CORE DOMAIN AND C-TERMINAL DOMAIN / Mutation: Y723F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P11387, DNA topoisomerase |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | RESIDUES 215-635 OF CHAIN A COMPRISE THE CORE DOMAIN OF THE MOLECULE. RESIDUES 715-765 OF CHAIN A ...RESIDUES 215-635 OF CHAIN A COMPRISE THE CORE DOMAIN OF THE MOLECULE. RESIDUES 715-765 OF CHAIN A COMPRISE THE C-TERMINAL DOMAIN. 1-22 OF CHAIN C COMPRISE THE SCISSILE STRAND OF THE DNA, 101-122 OF CHAIN D THE INTACT DNA STRAND. NOTE THAT THE LINKER DOMAIN (636-714) IS NOT PRESENT IN THE CONSTRUCT OF THIS RECONSTITU |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: pH 7.70, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.00K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 18834 / % possible obs: 83.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / % possible all: 87.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 83.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Num. measured all: 78779 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 4.2 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT 開始モデル: RECONSTITUTED HUMAN TOPOISOMERASE I COVALENT COMPLEX WITH 22 BASE PAIR DUPLEX DNA 解像度: 2.5→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 6 % |