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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a2c | |||||||||
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タイトル | Structure of thrombin inhibited by AERUGINOSIN298-A from a BLUE-GREEN ALGA | |||||||||
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![]() | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / HYDROLASE / SERINE PROTEASE / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin ...cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / ligand-gated ion channel signaling pathway / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of proteolysis / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / blood coagulation / positive regulation of protein phosphorylation / heparin binding / regulation of cell shape / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cell growth / : / blood microparticle / G alpha (q) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rios-Steiner, J.L. / Murakami, M. / Tulinsky, A. | |||||||||
![]() | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998 タイトル: Structure of Thrombin Inhibited by Aeruginosin 298-A from a Blue-Green Alga 著者: Steiner, J.L.R. / Murakami, M. / Tulinsky, A. #1: ![]() タイトル: Aeruginosin 298-A, a Thrombin and Trypsin Inhibitor from the Blue-Green Alga Microcystis Aeruginosa (Nies-298) 著者: Murakami, M. / Okita, Y. / Matsuda, H. / Okino, T. / Yamaguchi, K. #2: ![]() タイトル: Refined Structure of the Hirudin-Thrombin Complex 著者: Rydel, T.J. / Tulinsky, A. / Bode, W. / Huber, R. #3: ![]() タイトル: The Structure of a Complex of Recombinant Hirudin and Human Alpha-Thrombin 著者: Rydel, T.J. / Ravichandran, K.G. / Tulinsky, A. / Bode, W. / Huber, R. / Roitsch, C. / Fenton II, J.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 400.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hgtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 LIJ
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1534.554 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 60-71 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質・ペプチド | |
-タンパク質 , 1種, 1分子 H
#2: タンパク質 | 分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 177分子 


#5: 化合物 | ChemComp-NA / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN IDENTIFIER *L* IS USED FOR RESIDUES 1H - 15 ...THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN IDENTIFIER |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.3 / 詳細: pH 7.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 / 詳細: NO MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 15999 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.25 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 47 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HGT 解像度: 2.1→7 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |