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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a1j | ||||||
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タイトル | RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCGT SITE) | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / ZINC FINGER-DNA COMPLEX / ZINC FINGER / DNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process ...glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / interleukin-1-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / : / positive regulation of smooth muscle cell migration / skeletal muscle cell differentiation / locomotor rhythm / T cell differentiation / estrous cycle / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / BMP signaling pathway / long-term memory / regulation of neuron apoptotic process / response to glucose / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / circadian regulation of gene expression / response to insulin / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to gamma radiation / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of neuron apoptotic process / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / sequence-specific DNA binding / learning or memory / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Elrod-Erickson, M. / Benson, T.E. / Pabo, C.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution structures of variant Zif268-DNA complexes: implications for understanding zinc finger-DNA recognition. 著者: Elrod-Erickson, M. / Benson, T.E. / Pabo, C.O. #1: ![]() タイトル: Zif268 Protein-DNA Complex Refined at 1.6 A: A Model System for Understanding Zinc Finger-DNA Interactions 著者: Elrod-Erickson, M. / Rould, M.A. / Nekludova, L. / Pabo, C.O. #2: ![]() タイトル: Zinc Finger Phage: Affinity Selection of Fingers with New DNA-Binding Specificities 著者: Rebar, E.J. / Pabo, C.O. #3: ![]() タイトル: Zinc Finger-DNA Recognition: Crystal Structure of a Zif268-DNA Complex at 2.1 A 著者: Pavletich, N.P. / Pabo, C.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 367.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3430.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3279.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 10795.463 Da / 分子数: 1 / Fragment: ZINC FINGER / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 35% PEG 3350, 200MM NACL, 25 MM MES PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月15日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 9959 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 39.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 19.4 / Rsym value: 0.054 / % possible all: 82.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 3 % / Num. measured all: 29842 / Rmerge(I) obs: 0.034 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 82.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT 開始モデル: PDB ENTRY 1AAY, WITHOUT WATERS AND WITHOUT SIDE CHAINS FOR RESIDUES 18 - 24 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.299 |