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- PDB-1a0s: SUCROSE-SPECIFIC PORIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0s
タイトルSUCROSE-SPECIFIC PORIN
要素SUCROSE-SPECIFIC PORIN
キーワードOUTER MEMBRANE PROTEIN / PORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide transport / porin activity / pore complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
LamB-type porin N-terminal domain / Maltoporin periplasmic N-terminal extension / Porin, LamB type / Porin, LamB-type / Porin, LamB-type superfamily / : / LamB porin / Maltoporin; Chain A / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Diederichs, K. / Welte, W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the sucrose-specific porin ScrY from Salmonella typhimurium and its complex with sucrose.
著者: Forst, D. / Welte, W. / Wacker, T. / Diederichs, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Scry, a Specific Bacterial Outer Membrane Porin
著者: Forst, D. / Schulein, K. / Wacker, T. / Diederichs, K. / Kreutz, W. / Benz, R. / Welte, W.
履歴
登録1997年12月7日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: SUCROSE-SPECIFIC PORIN
Q: SUCROSE-SPECIFIC PORIN
R: SUCROSE-SPECIFIC PORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,1216
ポリマ－136,0013
非ポリマー1203
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area43910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.100, 112.100, 147.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.49839, 0.864212, 0.06888), (-0.866499, -0.499125, -0.007322), (0.028052, -0.063334, 0.997598)-54.441, -31.931, 1.0074
2given(-0.499843, -0.865649, 0.02843), (0.863846, -0.50064, -0.055946), (0.062663, -0.003405, 0.998029)-54.9001, 31.273, 2.2337

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要素

#1: タンパク質 SUCROSE-SPECIFIC PORIN


分子量: 45333.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / 遺伝子: SCRY / プラスミド: PSO112 / 細胞内の位置 (発現宿主): OUTER MEMBRANE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12, KS 26 / 参照: UniProt: P22340
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D- ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE AND 6-9% PEG-2000. THE CONCENTRATION OF PEG IN THE RESERVOIR WAS 12-15%., vapor diffusion - sitting drop
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-7 mg/mlprotein1drop
220 mMTris/Cl1drop
3100 mM1dropLiCl
420 mM1dropMgSO4
51.2 %beta-D-octylglucopyranoside1drop
61 %Hexyldimethylamineoxide1drop
71 %btea-D-heptylglucopyranoside1drop
86-9 %PEG20001drop
912-15 %PEG20001reservoir
10100 mMsucrose1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→17 Å / Num. obs: 130884 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.58 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.29→2.4 Å / 冗長度: 1.53 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 65
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65 % / Rmerge(I) obs: 0.301

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DAREFIモデル構築
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
DAREFI位相決定
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: TWINNING FRACTION 0.011 AS DETERMINED FROM A FINAL SHELXL-96 REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1036 2 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 63292 78.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.29 Å
Luzzati d res low-17 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9606 0 3 330 9939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.591.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.662
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.442.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev Biso : 1.6 Å2 / Weight Biso : 1 / Weight position: 50

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev position (Å)
11RESTRAINED0.1
220.09
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3116 84 0.83 %
Rwork0.2856 7159 -
obs--71.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCDSX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONTOPH19.ION
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.37
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2856

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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