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- PDB-1a0j: CRYSTAL STRUCTURE OF A NON-PSYCHROPHILIC TRYPSIN FROM A COLD-ADAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A NON-PSYCHROPHILIC TRYPSIN FROM A COLD-ADAPTED FISH SPECIES.
要素TRYPSIN
キーワードSERINE PROTEASE / SERINE PROTEINASE / TRYPSIN / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Trypsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Salmo salar (タイセイヨウサケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schroeder, H.-K. / Willassen, N.P. / Smalaas, A.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of a non-psychrophilic trypsin from a cold-adapted fish species.
著者: Schroder, H.K. / Willassen, N.P. / Smalas, A.O.
履歴
登録1997年12月1日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN
B: TRYPSIN
C: TRYPSIN
D: TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,69619
ポリマ－95,2154
非ポリマー1,48115
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: TRYPSIN
ヘテロ分子

A: TRYPSIN
B: TRYPSIN
C: TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,69619
ポリマ－95,2154
非ポリマー1,48115
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area31150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.907, 83.107, 154.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.57345, -0.321655, 0.753454), (-0.367037, -0.721359, -0.587303), (0.73242, -0.613334, 0.295604)25.56022, 120.9744, 41.0547
2given(-0.054285, -0.335982, -0.940303), (-0.413757, -0.849473, 0.327415), (-0.908767, 0.406831, -0.092901)107.68916, 66.42438, 85.58722
3given(-0.504313, 0.863056, 0.028337), (-0.835345, -0.479281, -0.269237), (-0.218785, -0.159451, 0.962657)-16.28458, 72.87833, 48.48168
4given(-0.569275, 0.814531, -0.111647), (0.757198, 0.572348, 0.314752), (0.320276, 0.094642, -0.942585)28.27138, -35.09442, 104.65495
5given(0.032942, -0.454114, -0.890334), (0.430334, 0.81046, -0.397452), (0.902069, -0.370048, 0.222119)74.37251, -19.85422, 61.08286
6given(-0.28924, -0.515202, 0.806788), (0.459541, 0.664614, 0.589161), (-0.839739, 0.541161, 0.044524)-19.95494, -71.18546, 99.16763

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要素

#1: タンパク質
TRYPSIN


分子量: 23803.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: BENZAMIDINE INHIBITOR IN THE ACTIVE SITE. THE AMINO ACID NUMBERING SCHEME USED IS ADOPTED FROM CHYMOTRYPSINOGEN.
由来: (天然) Salmo salar (タイセイヨウサケ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P35033, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AMINO ACID NUMBERING SCHEME USED IS ADOPTED FROM CHYMOTRYPSINOGEN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: drop contained 1:1 mixture of protein and reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
260 mMbenzamidine1drop
31.60-1.75 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Macetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28 Å / Num. obs: 76357 / % possible obs: 81.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 52.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 451079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
Agrovataデータ削減
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
XDSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PTB BOVINE TRYPSIN, WITH CORRECT AMINO ACID SEQUENCE SUPERIMPOSED ONTO ANIONIC SALMON TRYPSIN 2TBS.

3ptb

2tbs


解像度: 1.7→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
詳細: NCS RESTRAINTS WERE INCLUDED IN THE FIRST REFINEMENT ROUNDS, THEN LEFT OUT. THE ELECTRON DENSITY INDICATES A CALCIUM ION FOR ONLY ONE OF THE FOUR MOLECULES (MOL A). THE ELECTRON DENSITY ...詳細: NCS RESTRAINTS WERE INCLUDED IN THE FIRST REFINEMENT ROUNDS, THEN LEFT OUT. THE ELECTRON DENSITY INDICATES A CALCIUM ION FOR ONLY ONE OF THE FOUR MOLECULES (MOL A). THE ELECTRON DENSITY INDICATES A CALCIUM ION FOR ONLY ONE OF THE FOUR MOLECULES (MOL A).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 3866 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 68062 73.061 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.93 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.18 Å / Luzzati sigma a free: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6640 0 87 379 7106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.697
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.35
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.087
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 163 5 %
Rwork0.2347 2986 -
obs--34.21 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.35
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.087
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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