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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a0h | |||||||||
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タイトル | THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF PPACK-MEIZOTHROMBIN DESF1: KRINGLE/THROMBIN AND CARBOHYDRATE/KRINGLE/THROMBIN INTERACTIONS AND LOCATION OF THE LINKER CHAIN | |||||||||
![]() | (MEIZOTHROMBIN) x 2 | |||||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / COAGULATION / THROMBIN / PROTHROMBIN / MEIZOTHROMBIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / platelet activation / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Martin, P.D. / Malkowski, M.G. / Box, J. / Esmon, C.T. / Edwards, B.F.P. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: New insights into the regulation of the blood clotting cascade derived from the X-ray crystal structure of bovine meizothrombin des F1 in complex with PPACK. 著者: Martin, P.D. / Malkowski, M.G. / Box, J. / Esmon, C.T. / Edwards, B.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.90024, -0.43536, -0.00555), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17868.338 Da / 分子数: 2 / 断片: F2/THROMBIN DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 29772.422 Da / 分子数: 2 / 断片: F2/THROMBIN DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 多糖 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN ...THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 17 MG/ML PROTEIN, 2% PEG4000, .25 M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.0, 33% SATURATED AMMONIUM SULFATE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: 0.3 MM COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→42.3 Å / Num. obs: 31648 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 60 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 60 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: THROMBIN 解像度: 3.2→7 Å / Data cutoff high absF: 99999999 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→7 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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