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- PDB-1a0d: XYLOSE ISOMERASE FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0d
タイトルXYLOSE ISOMERASE FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS
要素XYLOSE ISOMERASE
キーワードKETOLISOMERASE / XYLOSE METABOLISM / GLUCOSE-FRUCTOSE INTERCONVERSION / HYDRIDE TRANSFER / ALPHA-BETA BARREL / METALLOENZYME / THERMOPHILE
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, bacterial-type / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gallay, O. / Chopra, R. / Conti, E. / Brick, P. / Blow, D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Class II Xylose Isomerases from Two Thermophiles and a Hyperthermophile
著者: Gallay, O. / Chopra, R. / Conti, E. / Brick, P. / Jackson, R. / Hartley, B. / Vieille, C. / Zeikus, J.G. / Blow, D.
#1: ジャーナル: Biotechnol.Lett. / 年: 1993
タイトル: High Level Expression of a Thermostable Bacillus Xylose (Glucose) Isomerase in Escherichia Coli
著者: Wuxiang, L. / Jeyaseelan, K.
履歴
登録1997年11月28日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLOSE ISOMERASE
B: XYLOSE ISOMERASE
C: XYLOSE ISOMERASE
D: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,73312
ポリマ－200,2944
非ポリマー4408
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29880 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area54930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.290, 141.850, 160.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.98767, 0.15658, -0.00024), (0.15655, 0.98752, 0.01744), (0.00296, 0.01718, -0.99985)28.20802, -2.89316, 78.8146
2given(-0.7424, -0.01277, -0.66983), (-0.01491, -0.99926, 0.03558), (-0.66979, 0.0364, 0.74166)55.16944, 50.51254, 20.18826
3given(0.72836, -0.14481, 0.66972), (-0.14472, -0.98787, -0.0562), (0.66974, -0.05599, -0.74048)-18.32721, 56.00223, 59.59824

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要素

#1: タンパク質
XYLOSE ISOMERASE / GLUCOSE ISOMERASE


分子量: 50073.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 株: LLD-R / 参照: UniProt: P54273, xylose isomerase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: VAPOR DIFFUSION FROM HANGING DROPS (18 DEG C): PROTEIN (A280 22) WAS IN 50 MM TRIS, 10 MM MNCL2, PH 7.5; RESERVOIR SOLUTION WAS 10% PEG, 100 MM LICL, 100 MM MES, PH 6.3; DROPS WERE FORMED ...詳細: VAPOR DIFFUSION FROM HANGING DROPS (18 DEG C): PROTEIN (A280 22) WAS IN 50 MM TRIS, 10 MM MNCL2, PH 7.5; RESERVOIR SOLUTION WAS 10% PEG, 100 MM LICL, 100 MM MES, PH 6.3; DROPS WERE FORMED FROM EQUAL PARTS OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS., pH 6.5, vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: 6.3 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年2月1日 / 詳細: DUAL SLITS, COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→33 Å / Num. obs: 35985 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 62.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
CCP4データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADNESデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6XIA

6xia


解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: A POSTERIORI
詳細: OCCUPANCIES OF THE MN CATIONS AND WATER HOH 501 WERE REFINED, SIMULTANEOUSLY WITH TEMPERATURE FACTORS FOR ALL ATOMS, USING THE GROUP B COMMAND IN X-PLOR. THESE OCCUPANCIES WERE THEN FIXED AT ...詳細: OCCUPANCIES OF THE MN CATIONS AND WATER HOH 501 WERE REFINED, SIMULTANEOUSLY WITH TEMPERATURE FACTORS FOR ALL ATOMS, USING THE GROUP B COMMAND IN X-PLOR. THESE OCCUPANCIES WERE THEN FIXED AT ROUNDED VALUES FOR THE SUBSEQUENT REFINEMENT PROTOCOL. DISORDERED SIDE CHAINS WERE NOT INCLUDED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1775 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 35802 89.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3481 0 2 2 3485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 124 5 %
Rwork0.303 2734 -
obs--57.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.IONTOPH.ION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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