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万見
- PDB-1qd7: PARTIAL MODEL FOR 30S RIBOSOMAL SUBUNIT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qd7
タイトルPARTIAL MODEL FOR 30S RIBOSOMAL SUBUNIT
要素
  • CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA
  • END FRAGMENT OF 16 S RNA
  • S15 RIBOSOMAL PROTEIN
  • S17 RIBOSOMAL PROTEIN
  • S20 RIBOSOMAL PROTEIN
  • S4 RIBOSOMAL PROTEIN
  • S5 RIBOSOMAL PROTEIN
  • S6 RIBOSOMAL PROTEIN
  • S7 RIBOSOMAL PROTEIN
  • S8 RIBOSOMAL PROTEIN
キーワードRIBOSOME / 30S RIBOSOMAL SUBUNIT / LOW RESOLUTION MODEL
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 ...Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Clemons Jr., W.M. / May, J.L.C. / Wimberly, B.T. / McCutcheon, J.P. / Capel, M.S. / Ramakrishnan, V.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure of a bacterial 30S ribosomal subunit at 5.5 A resolution.
著者: Clemons Jr., W.M. / May, J.L. / Wimberly, B.T. / McCutcheon, J.P. / Capel, M.S. / Ramakrishnan, V.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of ribosomal protein S4 reveals a two-domain molecule with an extensive RNA-binding surface: one domain shows structural homology to the ETS DNA-binding motif
著者: Davies, C. / Gerstner, R.B. / Draper, D.E. / Ramakrishnan, V. / White, S.W.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: The structure of ribosomal protein S5 reveals sites of interaction with 16S rRNA
著者: Ramakrishnan, V. / White, S.W.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the ribosomal protein S6 from Thermus thermophilus
著者: Lindahl, M. / Svensson, L.A. / Liljas, A. / Sedelnikova, I.A. / Eliseikina, I.A. / Fomenkova, N.P. / Nevskaya, N. / Nikonov, S.V. / Garber, M.B. / Muranova, T.A. / Rykonova, A.I. / Amons, R.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The structure of ribosomal protein S7 at 1.9 A resolution reveals a beta- hairpin motif that binds double-stranded nucleic acids
著者: Wimberly, B.T. / White, S.W. / Ramakrishnan, V.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of ribosomal protein S8 from Thermus thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site
著者: Nevskaya, N. / Tischenko, S. / Nikulin, A. / Al-Karadaghi, S. / Liljas, A. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Garber, M. / Nikonov, S.
#6: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Conformational variability of the N-terminal helix in the structure of ribosomal protein S15
著者: Clemons Jr., W.M. / Davies, C.R. / White, S.W. / Ramakrishnan, V.
#7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Solution structure of prokaryotic ribosomal protein S17 by high-resolution NMR spectroscopy
著者: Jaishree, T.N. / Ramakrishnan, V. / White, S.W.
履歴
登録1999年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA
B: END FRAGMENT OF 16 S RNA
C: S4 RIBOSOMAL PROTEIN
D: S5 RIBOSOMAL PROTEIN
E: S6 RIBOSOMAL PROTEIN
F: S7 RIBOSOMAL PROTEIN
G: S8 RIBOSOMAL PROTEIN
H: S15 RIBOSOMAL PROTEIN
I: S17 RIBOSOMAL PROTEIN
J: S20 RIBOSOMAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,57110
ポリマ－175,57110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)401.6, 401.6, 174.5
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 53096.625 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 563-912 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#2: RNA鎖 END FRAGMENT OF 16 S RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 17211.391 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1400-1500 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)

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タンパク質 , 8種, 8分子 CDEFGHIJ

#3: タンパク質 S4 RIBOSOMAL PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18624.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P81288
#4: タンパク質 S5 RIBOSOMAL PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15240.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P02357
#5: タンパク質 S6 RIBOSOMAL PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11619.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#6: タンパク質 S7 RIBOSOMAL PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15342.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#7: タンパク質 S8 RIBOSOMAL PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15624.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS
#8: タンパク質 S15 RIBOSOMAL PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10200.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P05766
#9: タンパク質 S17 RIBOSOMAL PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10081.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P23828
#10: タンパク質 S20 RIBOSOMAL PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8528.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOUR DIFFUSION AT 277 K, MPD, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MPD12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Trakhanov, S.D., (1987) FEBS Lett., 220, 319.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度Crystal-IDSol-ID
115 %1reservoir
21

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.000, 1.700
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.71
反射最高解像度: 5.5 Å / Num. all: 42000 / Num. obs: 42000 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 %
反射 シェル最高解像度: 5.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 83
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
Oモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PROTEINS WERE FIT INTO MAP AS RIGID BODIES FROM KNOWN CRYSTAL OR NMR STRUCTURES OF ISOLATED PROTEINS EXCEPT FOR S20, FOR WHICH NO HIGH RESOLUTION STRUCTURE EXISTS. S20 WAS FIT AS ...開始モデル: PROTEINS WERE FIT INTO MAP AS RIGID BODIES FROM KNOWN CRYSTAL OR NMR STRUCTURES OF ISOLATED PROTEINS EXCEPT FOR S20, FOR WHICH NO HIGH RESOLUTION STRUCTURE EXISTS. S20 WAS FIT AS THREE-HELIX BUNDLE.S4 SEE REFERENCE (1); S5 MODELED ACCORDING TO PDB CODE 1PKP;S6 MODELED ACCORDING TO PDB CODE 1RIS;S7 MODELED ACCORDING TO PDB CODE 1RSS;S8 MODELED ACCORDING TO PDB CODE 1AN7;S15 MODELED ACCORDING TO PDB CODE 1A23;S17 SEE REFERENCE (7);

1pkp

1ris

1rss

1an7

1a23


最高解像度: 5.5 Å / Num. reflection all: 42000 / Num. reflection obs: 42000
詳細: NO REFINEMENT WAS DONE EXCEPT FOR VISUAL MAP FITTING. THIS MODEL WAS MADE FROM A 5.5 ANGSTROM X-RAY MAP BY FITTING A-FORM RNA HELICES INTO REGIONS OF DOUBLE- HELICAL DENSITY. NO ATTEMPT HAS ...詳細: NO REFINEMENT WAS DONE EXCEPT FOR VISUAL MAP FITTING. THIS MODEL WAS MADE FROM A 5.5 ANGSTROM X-RAY MAP BY FITTING A-FORM RNA HELICES INTO REGIONS OF DOUBLE- HELICAL DENSITY. NO ATTEMPT HAS BEEN MADE TO MAINTAIN PROPER STEREOCHEMISTRY OR EVEN PHOSPHATE-PHOSPHATE DISTANCES. IN PARTICULAR AT JUNCTIONS OF THE SHORT HELICES, THE CHAIN MAY BE UNREALISTIC
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数946 359 0 0 1305
精密化
*PLUS
最高解像度: 5.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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