PDB-197d: ORTHORHOMBIC CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA OCTAMER D(GTACGTAC). ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 197d

タイトル

ORTHORHOMBIC CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA OCTAMER D(GTACGTAC). COMPARISON WITH THE TETRAGONAL STRUCTURE

要素

DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Langlois D'Estaintot, B. / Dautant, A. / Courseille, C. / Precigoux, G.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1993
タイトル: Orthorhombic crystal structure of the A-DNA octamer d(GTACGTAC). Comparison with the tetragonal structure.
著者: Langlois d'Estaintot, B. / Dautant, A. / Courseille, C. / Precigoux, G.

履歴

登録	1994年11月24日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1995年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	197d.cif.gz	19.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb197d.ent.gz	11.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	197d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/97/197d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/97/197d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hnq-2 370d-d 3s49-1 472d-d 5vr4-2 5hnq-5 5der-1 3s49-2 3knc-d 5e36-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

4.85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.605, 50.824, 21.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-78- HOH
2	1	B-41- HOH
3	1	B-58- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPTPAPCPGPTPAPC)-3') 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.02 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	HMD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE_HCL	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 6

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	0.7 mM	octanucleotide	1	drop
2	14 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	42 mM		1	drop	MgCl2
4	0.8 mM	spermine hydrochloride	1	drop
5	17 %	1,6-hexamethylenediol	1	drop		mass vol.
6	50 %	MPD	1	reservoir		by vol.
7			1

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS
検出器	タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2.19 Å / Num. all: 4465

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.19→10 Å / σ(F): 4 /

	R_factor	反射数
obs	0.161	1516

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	322	0	66	388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d	0.017	0.025
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d	0.043	0.05
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d	0.058	0.04
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d	0.048	0.05
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr	0.03	0.03
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd	0.113	0.062
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd	0.15	0.062
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.19 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 4

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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