PDB-194d: X-RAY STRUCTURES OF THE B-DNA DODECAMER D(CGCGTTAACGCG) WITH AN I...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 194d

タイトル

X-RAY STRUCTURES OF THE B-DNA DODECAMER D(CGCGTTAACGCG) WITH AN INVERTED CENTRAL TETRANUCLEOTIDE AND ITS NETROPSIN COMPLEX

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Balendiran, K. / Rao, S.T. / Sekharudu, C.Y. / Zon, G. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: X-ray structures of the B-DNA dodecamer d(CGCGTTAACGCG) with an inverted central tetranucleotide and its netropsin complex.
著者: Balendiran, K. / Rao, S.T. / Sekharudu, C.Y. / Zon, G. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	1994年10月4日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1995年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	194d.cif.gz	23.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb194d.ent.gz	15.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	194d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/94/194d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/94/194d	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	1dn9-d 233d-d 128d-d 1d80-d 1d65-d 119d-d 1d30-d 4dnb-d 1d64-d 1i47-d 1bna-d 1i3t-d 113d-d 1ndn-d 2p8d-1 1d81-d 1vtj-d 1dne-d 3bna-d 303d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*G)-3')

7.33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.700, 40.500, 67.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPGPTPTPAPAPCPGPCPG)-3') 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.31 %

結晶化

温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 282.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	MGCL2	1	1
4	SPERMINE_HCL	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 282 K / pH: 7.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1		Tris-HCl	1	drop
2		oligonucleotide	1	drop	1 equivalent
3			1	drop	2.5 equivalents	MgCl2
4		spermine tetrachloride	1	drop	2 equivalents
5	40 %	MPD	1	drop
6	50 %		1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 258 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器	検出器: AREA DETECTOR
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 2214
反射	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 3169 / R_merge(I) obs*: 0.06

-
解析

ソフトウェア

名称:

X-PLOR / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
R_work	0.148	-
obs	0.148	1522

Refine B_iso

クラス: ALL ATOMS

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	486	0	70	556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3.2
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	28.2
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	2.1
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	28.2
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	2.1

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