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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 189l | ||||||
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タイトル | ENHANCEMENT OF PROTEIN STABILITY BY THE COMBINATION OF POINT MUTATIONS IN T4 LYSOZYME IS ADDITIVE | ||||||
要素 | T4 LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X.-J. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1995 タイトル: Enhancement of protein stability by the combination of point mutations in T4 lysozyme is additive. 著者: Zhang, X.J. / Baase, W.A. / Shoichet, B.K. / Wilson, K.P. / Matthews, B.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 189l.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb189l.ent.gz | 31.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 189l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 189l_validation.pdf.gz | 408.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 189l_full_validation.pdf.gz | 423.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 189l_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 189l_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/89/189l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/89/189l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18718.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: M13 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.7 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient pressure: 101 kPa / 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: rotating-anode X-ray tube / タイプ: RIGAKU RU200 / Target: Cu |
検出器 | タイプ: AREA DETECTOR / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: Xuong-Hamlin |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 1.5418 Å |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 6024 / % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→20 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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