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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 187d | ||||||||||||||||||
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タイトル | HYDRATION PATTERNS AND INTERMOLECULAR INTERACTIONS IN A-DNA CRYSTAL STRUCTURES. IMPLICATIONS FOR DNA RECOGNITION | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Eisenstein, M. / Shakked, Z. | ![]() ![]() タイトル: Hydration patterns and intermolecular interactions in A-DNA crystal structures. Implications for DNA recognition. 著者: Eisenstein, M. / Shakked, Z. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of d(CCCCGGGG): A New A-Form Variant with an Extended Backbone Conformation 著者: Haran, T.E. / Shakked, Z. / Wang, A.H.-J. / Rich, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 12.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 7.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 312 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 312 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2428.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: unknown詳細: Wang, A. H.-J., (1982) Proc. Nat. Acad. Sci. USA., 79, 3968. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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検出器 | タイプ: NICOLET / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.25 Å |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.25→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |