PDB-168d: STABILIZING EFFECTS OF THE RNA 2'-SUBSTITUENT: CRYSTAL STRUCTURE ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 168d

タイトル

STABILIZING EFFECTS OF THE RNA 2'-SUBSTITUENT: CRYSTAL STRUCTURE OF AN OLIGODEOXYNUCLEOTIDE DUPLEX CONTAINING 2'-O-METHYLATED ADENOSINES

要素

DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*)-R(*(A2M)P*)-D(*TP*AP*CP*GP*C)-3')

キーワード

DNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED / DNA-RNA HYBRID COMPLEX

機能・相同性

DNA/RNA hybrid

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lubini, P. / Zuercher, W. / Egli, M.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1994
タイトル: Stabilizing effects of the RNA 2'-substituent: crystal structure of an oligodeoxynucleotide duplex containing 2'-O-methylated adenosines.
著者: Lubini, P. / Zurcher, W. / Egli, M.

履歴

登録	1994年4月8日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1994年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	168d.cif.gz	23.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb168d.ent.gz	14.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	168d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	168d_validation.pdf.gz	325.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	168d_full_validation.pdf.gz	343.5 KB	表示
XML形式データ	168d_validation.xml.gz	3.7 KB	表示
CIF形式データ	168d_validation.cif.gz	5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/68/168d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/68/168d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1i0n-d 349d-1 411d-d 6wy2-2 1i0j-d 1i0o-d 3oz4-d 440d-d 395d-1 1y9s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*)-R(*(A2M)P*)-D(*TP*AP*CP*GP*C)-3')

B: DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*)-R(*(A2M)P*)-D(*TP*AP*CP*GP*C)-3')

6.15 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.130, 45.649, 47.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-D(GPCPGPTP)-R((A2M)P)-D(TPAPCPGPC)-3') 分子量: 3075.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.53 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE_HCL	1	1

-
データ収集

回折	Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21
検出器	タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2 Å / Num. all: 9702 / Num. obs: 3576

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROLSQ	(MODIFIED BY G.J.QUIGLEY)	精密化
修飾	BY G.J.QUIGLEY	精密化

精密化

解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.193	3188

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	408	0	53	461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	3
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.1
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.14
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.16
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.12
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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