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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 152d | ||||||||||||||||||
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タイトル | DIVERSITY OF WATER RING SIZE AT DNA INTERFACES: HYDRATION AND DYNAMICS OF DNA-ANTHRACYCLINE COMPLEXES | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | DAUNOMYCIN / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Lipscomb, L.A. / Peek, M.E. / Zhou, F.X. / Bertrand, J.A. / VanDerveer, D. / Williams, L.D. | ![]() ![]() タイトル: Water ring structure at DNA interfaces: hydration and dynamics of DNA-anthracycline complexes. 著者: Lipscomb, L.A. / Peek, M.E. / Zhou, F.X. / Bertrand, J.A. / VanDerveer, D. / Williams, L.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 15.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 8.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM1 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.4 Å / Num. all: 54233 / Num. obs: 3817 / Observed criterion σ(F): 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 54233 / Rmerge F obs: 0.0854 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.4 Å / σ(F): 1 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.4 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.226 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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