PDB-151d: DIVERSITY OF WATER RING SIZE AT DNA INTERFACES: HYDRATION AND DYN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 151d

タイトル

DIVERSITY OF WATER RING SIZE AT DNA INTERFACES: HYDRATION AND DYNAMICS OF DNA-ANTHRACYCLINE COMPLEXES

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG

機能・相同性

DOXORUBICIN / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Lipscomb, L.A. / Peek, M.E. / Zhou, F.X. / Bertrand, J.A. / VanDerveer, D. / Williams, L.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Water ring structure at DNA interfaces: hydration and dynamics of DNA-anthracycline complexes.
著者: Lipscomb, L.A. / Peek, M.E. / Zhou, F.X. / Bertrand, J.A. / VanDerveer, D. / Williams, L.D.

履歴

登録	1993年12月13日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1994年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	151d.cif.gz	15.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb151d.ent.gz	8.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	151d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	151d_validation.pdf.gz	414.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	151d_full_validation.pdf.gz	422.3 KB	表示
XML形式データ	151d_validation.xml.gz	2.5 KB	表示
CIF形式データ	151d_validation.cif.gz	3.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/51/151d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/51/151d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	152dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p20-1 1d58-1 236d-1 1jo2-1 1vti-1 1d38-1 482d-1 215d-1 1ims-1 1d54-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

2.35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.920, 27.920, 52.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPAPTPCPG)-3') 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-DM2 / DOXORUBICIN / ADRIAMYCIN 分子量: 543.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉NO₁₁
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.41 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE_HCL	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器	タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.4 Å / Num. all: 17251 / Num. obs: 3402 / Observed criterion σ(F): 1
反射	PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 17251 / R_merge F obs*: 0.057

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 1.4 Å / σ(F): 1 /

	R_factor	反射数
obs	0.2	3402

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	120	39	62	221

ソフトウェア

*PLUS

名称: NUCLSQ / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.4 Å / σ(F): 1 / R_factor obs: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d	0.2
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d	0.019

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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