PDB-114d: INOSINE-ADENINE BASE PAIRS IN A B-DNA DUPLEX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 114d

タイトル

INOSINE-ADENINE BASE PAIRS IN A B-DNA DUPLEX

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED / MISMATCHED

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Corfield, P.W.R. / Hunter, W.N. / Brown, T. / Robinson, P. / Kennard, O.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1987
タイトル: Inosine.adenine base pairs in a B-DNA duplex.
著者: Corfield, P.W. / Hunter, W.N. / Brown, T. / Robinson, P. / Kennard, O.

履歴

登録	1993年1月4日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1993年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	114d.cif.gz	21 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb114d.ent.gz	13.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	114d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	114d_validation.pdf.gz	324.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	114d_full_validation.pdf.gz	328.1 KB	表示
XML形式データ	114d_validation.xml.gz	1.9 KB	表示
CIF形式データ	114d_validation.cif.gz	3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/14/114d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/14/114d	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1d99-d 266d-d 457d-d 1d80-d 1d75-d 1d89-1 270d-d 5bna-d 1d81-d 1i47-d 178d-d 1g3x-1 1ve8-d 3bna-d 113d-d 1dne-d 458d-d 428d-d 1bdn-1 112d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
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TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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チミン２量体 (Thymine Dimers)
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DNA (DNA)
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#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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#131 - 2010年11月
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類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

7.34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.850, 41.990, 65.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPIPAPAPTPTPAPGPCPG)-3') 分子量: 3672.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE	1	1

結晶化

*PLUS

pH: 7.4 / 手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	化学式
1	0.5 mM	DNA duplex	1
2	7.5 mM	sodium cacodylate	1
3	20 mM		1	MgCl2
4	1.0 mM	spermine	1
5	15 %(v/v)	MPD	1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
検出器	タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 2207 / Observed criterion σ(I): 1
反射	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs*: 0.07

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.5→8 Å / σ(I): 1 /

	R_factor	反射数
obs	0.19	2105

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	488	0	64	552

ソフトウェア

*PLUS

名称: NUCLSQ / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(I): 1 / R_factor obs: 0.19

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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