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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 100d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HIGHLY DISTORTED CHIMERIC DECAMER R(C)D(CGGCGCCG)R(G)-SPERMINE COMPLEX-SPERMINE BINDING TO PHOSPHATE ONLY AND MINOR GROOVE TERTIARY BASE-PAIRING | ||||||||||||||||||
![]() | DNA/RNA (5'-R(*![]() DNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | SPERMINE / DNA/RNA hybrid | ![]() 手法 | ![]() ![]() Ban, C. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of the highly distorted chimeric decamer r(C)d(CGGCGCCG)r(G).spermine complex--spermine binding to phosphate only and minor groove tertiary base-pairing. 著者: Ban, C. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 3078.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-SPM / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.89 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 263 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. all: 9305 / Num. obs: 2365 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.058 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 1 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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