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- EMDB-9979: Local map of the Rb region of the phycobilisome from the red alga... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9979
タイトルLocal map of the Rb region of the phycobilisome from the red alga P. purpureum
マップデータ
試料
  • 複合体: Local map of the Rb region of the phycobilisome from the red alga P. purpureum
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Sui SF / Ma JF / You X / Sun S
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis of energy transfer in Porphyridium purpureum phycobilisome.
著者: Jianfei Ma / Xin You / Shan Sun / Xiaoxiao Wang / Song Qin / Sen-Fang Sui /
要旨: Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting systems to adapt to their environments. Phycobilisomes are large light-harvesting protein complexes found in cyanobacteria and red ...Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting systems to adapt to their environments. Phycobilisomes are large light-harvesting protein complexes found in cyanobacteria and red algae, although how the energies of the chromophores within these complexes are modulated by their environment is unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structure of a 14.7-megadalton phycobilisome with a hemiellipsoidal shape from the red alga Porphyridium purpureum. Within this complex we determine the structures of 706 protein subunits, including 528 phycoerythrin, 72 phycocyanin, 46 allophycocyanin and 60 linker proteins. In addition, 1,598 chromophores are resolved comprising 1,430 phycoerythrobilin, 48 phycourobilin and 120 phycocyanobilin molecules. The markedly improved resolution of our structure compared with that of the phycobilisome of Griffithsia pacifica enabled us to build an accurate atomic model of the P. purpureum phycobilisome system. The model reveals how the linker proteins affect the microenvironment of the chromophores, and suggests that interactions of the aromatic amino acids of the linker proteins with the chromophores may be a key factor in fine-tuning the energy states of the chromophores to ensure the efficient unidirectional transfer of energy.
履歴
登録2019年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月11日-
マップ公開2019年12月11日-
更新2020年6月24日-
現状2020年6月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9979.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 560 pix.
= 610.96 Å		1.09 Å/pix.
x 560 pix.
= 610.96 Å		1.09 Å/pix.
x 560 pix.
= 610.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.032503046 - 0.07054666
平均 (標準偏差)0.00004876707 (±0.0012428778)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 610.95996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z610.960610.960610.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-0.0330.0710.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Local map of the Rb region of the phycobilisome from the red alga...

全体名称: Local map of the Rb region of the phycobilisome from the red alga P. purpureum
要素
  • 複合体: Local map of the Rb region of the phycobilisome from the red alga P. purpureum

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超分子 #1: Local map of the Rb region of the phycobilisome from the red alga...

超分子名称: Local map of the Rb region of the phycobilisome from the red alga P. purpureum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式
750.0 mg.mL-1Na2HPO4
750.0 mg.mL-1KH2PO4
糖包埋材質: ice
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 実像数: 16218 / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 686369
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5y6p

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 191825
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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