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- PDB-5y6p: Structure of the phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y6p
タイトルStructure of the phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica
要素
  • (R-phycoerythrin ...) x 2
  • ApcD
  • ApcF
  • LC
  • LCM
  • LR1
  • LR2
  • LR3
  • LR9
  • LRC1
  • LRC2
  • LRC3
  • LRC4
  • LRC5
  • LRC6
  • LR_gamma4
  • LR_gamma5
  • LR_gamma6
  • LR_gamma7
  • LR_gamma8
  • alpha_APC
  • alpha_PC
  • beta_APC
  • beta_PC
キーワードPHOTOSYNTHESIS / phycobilisome
機能・相同性PHYCOCYANOBILIN / PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN / PHYCOVIOLOBILIN
機能・相同性情報
生物種Griffithsia pacifica (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, J. / Ma, J.F. / Liu, D.S. / Sun, S. / Sui, S.F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica.
著者: Jun Zhang / Jianfei Ma / Desheng Liu / Song Qin / Shan Sun / Jindong Zhao / Sen-Fang Sui /
要旨: Life on Earth depends on photosynthesis for its conversion of solar energy to chemical energy. Photosynthetic organisms have developed a variety of light-harvesting systems to capture sunlight. The ...Life on Earth depends on photosynthesis for its conversion of solar energy to chemical energy. Photosynthetic organisms have developed a variety of light-harvesting systems to capture sunlight. The largest light-harvesting complex is the phycobilisome (PBS), the main light-harvesting antenna in cyanobacteria and red algae. It is composed of phycobiliproteins and linker proteins but the assembly mechanisms and energy transfer pathways of the PBS are not well understood. Here we report the structure of a 16.8-megadalton PBS from a red alga at 3.5 Å resolution obtained by single-particle cryo-electron microscopy. We modelled 862 protein subunits, including 4 linkers in the core, 16 rod-core linkers and 52 rod linkers, and located a total of 2,048 chromophores. This structure reveals the mechanisms underlying specific interactions between linkers and phycobiliproteins, and the formation of linker skeletons. These results provide a firm structural basis for our understanding of complex assembly and the mechanisms of energy transfer within the PBS.
履歴
登録2017年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.02025年9月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_modification_feature ...atom_site / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _struct_asym.entity_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6769
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: LRC6
B1: LRC6
C1: LRC4
D1: LRC4
E1: LRC5
F1: LRC5
G1: alpha_APC
H1: beta_APC
I1: alpha_APC
J1: beta_APC
K1: alpha_APC
L1: beta_APC
M1: beta_APC
N1: alpha_APC
O1: beta_APC
P1: alpha_APC
Q1: ApcF
R1: alpha_APC
S1: beta_APC
T1: alpha_APC
U1: beta_APC
V1: ApcD
W1: beta_APC
X1: alpha_APC
Y1: beta_APC
Z1: alpha_APC
a1: beta_APC
b1: alpha_APC
c1: beta_APC
d1: alpha_APC
e1: beta_APC
f1: alpha_APC
g1: ApcF
h1: beta_APC
i1: alpha_APC
j1: beta_APC
k1: alpha_APC
l1: beta_APC
m1: ApcD
n1: beta_APC
o1: alpha_APC
p1: beta_APC
q1: alpha_APC
r1: beta_APC
s1: alpha_APC
t1: beta_APC
u1: alpha_APC
v1: beta_APC
w1: alpha_APC
x1: beta_APC
y1: alpha_APC
z1: beta_APC
a2: LCM
b2: LCM
c2: LC
d2: LC
e2: R-phycoerythrin alpha chain
f2: R-phycoerythrin beta chain
g2: R-phycoerythrin alpha chain
h2: R-phycoerythrin beta chain
i2: R-phycoerythrin alpha chain
j2: R-phycoerythrin beta chain
k2: R-phycoerythrin alpha chain
l2: R-phycoerythrin beta chain
m2: R-phycoerythrin alpha chain
n2: R-phycoerythrin beta chain
o2: R-phycoerythrin alpha chain
p2: R-phycoerythrin beta chain
q2: R-phycoerythrin alpha chain
r2: R-phycoerythrin beta chain
s2: R-phycoerythrin alpha chain
t2: R-phycoerythrin beta chain
u2: R-phycoerythrin alpha chain
v2: R-phycoerythrin beta chain
w2: R-phycoerythrin alpha chain
x2: R-phycoerythrin beta chain
y2: R-phycoerythrin alpha chain
z2: R-phycoerythrin beta chain
A2: LR_gamma4
B2: LRC2
C2: LR_gamma5
D2: LR_gamma5
E2: R-phycoerythrin alpha chain
F2: R-phycoerythrin beta chain
G2: R-phycoerythrin alpha chain
H2: R-phycoerythrin beta chain
I2: R-phycoerythrin alpha chain
J2: R-phycoerythrin beta chain
K2: R-phycoerythrin alpha chain
L2: R-phycoerythrin beta chain
M2: R-phycoerythrin alpha chain
N2: R-phycoerythrin beta chain
O2: R-phycoerythrin alpha chain
P2: R-phycoerythrin beta chain
Q2: R-phycoerythrin alpha chain
R2: R-phycoerythrin beta chain
S2: R-phycoerythrin alpha chain
T2: R-phycoerythrin beta chain
U2: R-phycoerythrin alpha chain
V2: R-phycoerythrin beta chain
W2: R-phycoerythrin alpha chain
X2: R-phycoerythrin beta chain
Y2: R-phycoerythrin alpha chain
Z2: R-phycoerythrin beta chain
A3: R-phycoerythrin alpha chain
B3: R-phycoerythrin beta chain
C3: R-phycoerythrin alpha chain
D3: R-phycoerythrin beta chain
E3: R-phycoerythrin alpha chain
F3: R-phycoerythrin beta chain
G3: R-phycoerythrin alpha chain
H3: R-phycoerythrin beta chain
I3: R-phycoerythrin alpha chain
J3: R-phycoerythrin beta chain
K3: R-phycoerythrin alpha chain
L3: R-phycoerythrin beta chain
M3: R-phycoerythrin alpha chain
N3: R-phycoerythrin beta chain
O3: R-phycoerythrin alpha chain
P3: R-phycoerythrin beta chain
Q3: R-phycoerythrin alpha chain
R3: R-phycoerythrin beta chain
S3: R-phycoerythrin alpha chain
T3: R-phycoerythrin beta chain
U3: R-phycoerythrin alpha chain
V3: R-phycoerythrin beta chain
W3: R-phycoerythrin alpha chain
X3: R-phycoerythrin beta chain
Y3: R-phycoerythrin alpha chain
Z3: R-phycoerythrin beta chain
a3: LR_gamma4
b3: LRC2
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d3: LR_gamma5
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f3: R-phycoerythrin beta chain
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h3: R-phycoerythrin beta chain
i3: R-phycoerythrin alpha chain
j3: R-phycoerythrin beta chain
k3: R-phycoerythrin alpha chain
l3: R-phycoerythrin beta chain
m3: R-phycoerythrin alpha chain
n3: R-phycoerythrin beta chain
o3: R-phycoerythrin alpha chain
p3: R-phycoerythrin beta chain
q3: R-phycoerythrin alpha chain
r3: R-phycoerythrin beta chain
s3: R-phycoerythrin alpha chain
t3: R-phycoerythrin beta chain
u3: R-phycoerythrin alpha chain
v3: R-phycoerythrin beta chain
w3: R-phycoerythrin alpha chain
x3: R-phycoerythrin beta chain
y3: R-phycoerythrin alpha chain
z3: R-phycoerythrin beta chain
A4: R-phycoerythrin alpha chain
B4: R-phycoerythrin beta chain
C4: R-phycoerythrin alpha chain
D4: R-phycoerythrin beta chain
E4: R-phycoerythrin alpha chain
F4: R-phycoerythrin beta chain
G4: R-phycoerythrin alpha chain
H4: R-phycoerythrin beta chain
I4: R-phycoerythrin alpha chain
J4: R-phycoerythrin beta chain
K4: R-phycoerythrin alpha chain
L4: R-phycoerythrin beta chain
M4: R-phycoerythrin alpha chain
N4: R-phycoerythrin beta chain
O4: R-phycoerythrin alpha chain
P4: R-phycoerythrin beta chain
Q4: R-phycoerythrin alpha chain
R4: R-phycoerythrin beta chain
S4: R-phycoerythrin alpha chain
T4: R-phycoerythrin beta chain
U4: R-phycoerythrin alpha chain
V4: R-phycoerythrin beta chain
W4: R-phycoerythrin alpha chain
X4: R-phycoerythrin beta chain
Y4: R-phycoerythrin alpha chain
Z4: R-phycoerythrin beta chain
14: LRC1
24: LR1
34: LR_gamma4
44: LR_gamma5
a4: alpha_PC
b4: alpha_PC
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U5: R-phycoerythrin alpha chain
V5: R-phycoerythrin beta chain
W5: LRC1
X5: LR1
Y5: LR_gamma4
Z5: LR_gamma5
a5: alpha_PC
b5: alpha_PC
c5: beta_PC
d5: alpha_PC
e5: beta_PC
f5: alpha_PC
g5: beta_PC
h5: beta_PC
i5: alpha_PC
j5: beta_PC
k5: alpha_PC
l5: beta_PC
m5: R-phycoerythrin alpha chain
n5: R-phycoerythrin beta chain
o5: R-phycoerythrin alpha chain
p5: R-phycoerythrin beta chain
q5: R-phycoerythrin alpha chain
r5: R-phycoerythrin beta chain
s5: R-phycoerythrin alpha chain
t5: R-phycoerythrin beta chain
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G6: R-phycoerythrin alpha chain
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c6: R-phycoerythrin beta chain
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n8: R-phycoerythrin beta chain
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B7: R-phycoerythrin beta chain
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S7: R-phycoerythrin alpha chain
T7: R-phycoerythrin beta chain
U7: R-phycoerythrin alpha chain
V7: R-phycoerythrin beta chain
W7: R-phycoerythrin alpha chain
X7: R-phycoerythrin beta chain
Y7: R-phycoerythrin alpha chain
Z7: R-phycoerythrin beta chain
a7: R-phycoerythrin beta chain
b7: R-phycoerythrin beta chain
c7: R-phycoerythrin beta chain
d7: R-phycoerythrin beta chain
e7: R-phycoerythrin beta chain
f7: R-phycoerythrin alpha chain
g7: R-phycoerythrin alpha chain
h7: R-phycoerythrin alpha chain
i7: R-phycoerythrin alpha chain
j7: R-phycoerythrin alpha chain
k7: R-phycoerythrin alpha chain
l7: R-phycoerythrin beta chain
m7: R-phycoerythrin alpha chain
n7: R-phycoerythrin beta chain
o7: R-phycoerythrin alpha chain
p7: R-phycoerythrin beta chain
q7: R-phycoerythrin alpha chain
r7: R-phycoerythrin beta chain
s7: R-phycoerythrin alpha chain
t7: R-phycoerythrin beta chain
u7: R-phycoerythrin alpha chain
v7: R-phycoerythrin beta chain
w7: R-phycoerythrin alpha chain
x7: R-phycoerythrin beta chain
y7: R-phycoerythrin beta chain
z7: R-phycoerythrin beta chain
a8: LRC3
b8: LR_gamma4
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d8: LR_gamma5
e8: LR_gamma5
a9: LRC3
b9: LR_gamma4
c9: LR_gamma5
d9: LR_gamma5
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w8: R-phycoerythrin beta chain
x8: R-phycoerythrin alpha chain
y8: R-phycoerythrin beta chain
z8: R-phycoerythrin alpha chain
A8: R-phycoerythrin beta chain
B8: R-phycoerythrin alpha chain
C8: R-phycoerythrin beta chain
D8: R-phycoerythrin alpha chain
E8: R-phycoerythrin beta chain
F8: R-phycoerythrin alpha chain
G8: R-phycoerythrin beta chain
H8: R-phycoerythrin alpha chain
I8: R-phycoerythrin beta chain
J8: R-phycoerythrin alpha chain
K8: R-phycoerythrin beta chain
L8: R-phycoerythrin alpha chain
M8: R-phycoerythrin beta chain
N8: R-phycoerythrin alpha chain
O8: R-phycoerythrin beta chain
P8: R-phycoerythrin alpha chain
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R8: LRC1
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T8: LR_gamma5
U8: LR_gamma4
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W8: beta_PC
X8: alpha_PC
Y8: beta_PC
Z8: alpha_PC
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F9: R-phycoerythrin beta chain
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as: R-phycoerythrin alpha chain
at: R-phycoerythrin beta chain
au: R-phycoerythrin alpha chain
av: R-phycoerythrin beta chain
aw: R-phycoerythrin alpha chain
ax: R-phycoerythrin beta chain
ay: R-phycoerythrin alpha chain
az: R-phycoerythrin beta chain
aA: R-phycoerythrin alpha chain
aB: R-phycoerythrin beta chain
aC: R-phycoerythrin alpha chain
aD: R-phycoerythrin beta chain
aE: R-phycoerythrin alpha chain
aF: R-phycoerythrin beta chain
aG: R-phycoerythrin alpha chain
aH: R-phycoerythrin beta chain
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aJ: R-phycoerythrin beta chain
aK: R-phycoerythrin alpha chain
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aM: R-phycoerythrin alpha chain
aN: R-phycoerythrin beta chain
aO: R-phycoerythrin alpha chain
aP: R-phycoerythrin beta chain
aQ: R-phycoerythrin alpha chain
aR: R-phycoerythrin beta chain
aS: R-phycoerythrin alpha chain
aT: R-phycoerythrin beta chain
aU: R-phycoerythrin alpha chain
aV: R-phycoerythrin beta chain
aW: LRC1
aX: LR1
aY: LR_gamma4
aZ: LR_gamma5
ba: alpha_PC
bb: beta_PC
bc: alpha_PC
bd: beta_PC
be: alpha_PC
bf: beta_PC
bg: alpha_PC
bh: beta_PC
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bk: alpha_PC
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bn: R-phycoerythrin beta chain
bo: R-phycoerythrin beta chain
bp: R-phycoerythrin beta chain
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br: R-phycoerythrin beta chain
bs: R-phycoerythrin beta chain
bt: R-phycoerythrin alpha chain
bu: R-phycoerythrin alpha chain
bv: R-phycoerythrin alpha chain
bw: R-phycoerythrin alpha chain
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cf: beta_PC
cg: alpha_PC
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cl: beta_PC
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cn: R-phycoerythrin beta chain
co: R-phycoerythrin beta chain
cp: R-phycoerythrin beta chain
cq: R-phycoerythrin beta chain
cr: R-phycoerythrin beta chain
cs: R-phycoerythrin beta chain
ct: R-phycoerythrin alpha chain
cu: R-phycoerythrin alpha chain
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cw: R-phycoerythrin alpha chain
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cB: R-phycoerythrin beta chain
cC: R-phycoerythrin alpha chain
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dP: R-phycoerythrin beta chain
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dY: R-phycoerythrin beta chain
dZ: R-phycoerythrin alpha chain
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ee: R-phycoerythrin beta chain
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eh: R-phycoerythrin alpha chain
ei: R-phycoerythrin beta chain
ej: R-phycoerythrin alpha chain
ek: R-phycoerythrin alpha chain
el: R-phycoerythrin beta chain
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en: R-phycoerythrin beta chain
eo: R-phycoerythrin alpha chain
ep: R-phycoerythrin beta chain
eq: R-phycoerythrin alpha chain
er: R-phycoerythrin beta chain
es: R-phycoerythrin alpha chain
et: R-phycoerythrin beta chain
eu: R-phycoerythrin alpha chain
ev: R-phycoerythrin beta chain
ew: LR2
ex: LR2
ey: LR_gamma4
ez: LR_gamma4
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eC: R-phycoerythrin alpha chain
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eE: R-phycoerythrin alpha chain
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eK: R-phycoerythrin alpha chain
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eP: R-phycoerythrin beta chain
eQ: R-phycoerythrin alpha chain
eR: R-phycoerythrin beta chain
eS: R-phycoerythrin alpha chain
eT: R-phycoerythrin beta chain
eU: R-phycoerythrin alpha chain
eV: R-phycoerythrin beta chain
eW: R-phycoerythrin alpha chain
eX: R-phycoerythrin beta chain
eY: LR_gamma7
eZ: LR_gamma7
la: R-phycoerythrin alpha chain
lb: R-phycoerythrin beta chain
lc: R-phycoerythrin alpha chain
ld: R-phycoerythrin beta chain
le: R-phycoerythrin alpha chain
lf: R-phycoerythrin beta chain
lg: R-phycoerythrin alpha chain
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li: R-phycoerythrin alpha chain
lj: R-phycoerythrin beta chain
lk: R-phycoerythrin alpha chain
ll: R-phycoerythrin beta chain
lm: R-phycoerythrin alpha chain
ln: R-phycoerythrin beta chain
lo: R-phycoerythrin alpha chain
lp: R-phycoerythrin beta chain
lq: R-phycoerythrin alpha chain
lr: R-phycoerythrin beta chain
ls: R-phycoerythrin alpha chain
lt: R-phycoerythrin beta chain
lu: R-phycoerythrin alpha chain
lv: R-phycoerythrin beta chain
lw: R-phycoerythrin alpha chain
lx: R-phycoerythrin beta chain
ly: LR_gamma8
lz: LR_gamma8
fa: R-phycoerythrin beta chain
fb: R-phycoerythrin alpha chain
fc: R-phycoerythrin beta chain
fd: LR2
fe: R-phycoerythrin alpha chain
ff: R-phycoerythrin beta chain
fg: R-phycoerythrin alpha chain
fh: R-phycoerythrin alpha chain
fi: R-phycoerythrin beta chain
fj: R-phycoerythrin beta chain
fk: R-phycoerythrin alpha chain
fl: R-phycoerythrin alpha chain
fm: R-phycoerythrin beta chain
fn: R-phycoerythrin alpha chain
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fq: R-phycoerythrin beta chain
fr: R-phycoerythrin alpha chain
fs: R-phycoerythrin beta chain
ft: R-phycoerythrin alpha chain
fu: R-phycoerythrin beta chain
fv: R-phycoerythrin alpha chain
fw: R-phycoerythrin beta chain
fx: R-phycoerythrin alpha chain
fy: R-phycoerythrin beta chain
fz: LR2
ga: R-phycoerythrin beta chain
gb: R-phycoerythrin alpha chain
gc: R-phycoerythrin alpha chain
gd: R-phycoerythrin beta chain
ge: R-phycoerythrin beta chain
gf: R-phycoerythrin alpha chain
gg: R-phycoerythrin beta chain
gh: R-phycoerythrin alpha chain
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gj: R-phycoerythrin alpha chain
gk: R-phycoerythrin beta chain
gl: R-phycoerythrin alpha chain
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go: R-phycoerythrin alpha chain
gp: R-phycoerythrin beta chain
gq: R-phycoerythrin alpha chain
gr: R-phycoerythrin beta chain
gs: R-phycoerythrin alpha chain
gt: R-phycoerythrin beta chain
gu: R-phycoerythrin alpha chain
gv: R-phycoerythrin beta chain
gw: R-phycoerythrin alpha chain
gx: R-phycoerythrin beta chain
gy: LR_gamma6
gz: LR_gamma6
hA: R-phycoerythrin alpha chain
hB: R-phycoerythrin beta chain
hC: R-phycoerythrin alpha chain
hD: R-phycoerythrin beta chain
hE: R-phycoerythrin alpha chain
hF: R-phycoerythrin alpha chain
hG: R-phycoerythrin beta chain
hH: R-phycoerythrin beta chain
hI: R-phycoerythrin alpha chain
hJ: R-phycoerythrin beta chain
hK: R-phycoerythrin alpha chain
hL: R-phycoerythrin beta chain
hM: R-phycoerythrin alpha chain
hN: R-phycoerythrin beta chain
hO: R-phycoerythrin alpha chain
hP: R-phycoerythrin beta chain
hQ: R-phycoerythrin alpha chain
hR: R-phycoerythrin beta chain
hS: R-phycoerythrin alpha chain
hT: R-phycoerythrin beta chain
hU: R-phycoerythrin alpha chain
hV: R-phycoerythrin beta chain
hW: R-phycoerythrin alpha chain
hX: R-phycoerythrin beta chain
hY: LR_gamma8
hZ: LR_gamma8
iA: R-phycoerythrin alpha chain
iB: R-phycoerythrin alpha chain
iC: R-phycoerythrin beta chain
iD: R-phycoerythrin beta chain
iE: R-phycoerythrin beta chain
iF: R-phycoerythrin beta chain
iG: R-phycoerythrin beta chain
iH: R-phycoerythrin beta chain
jI: R-phycoerythrin beta chain
jJ: R-phycoerythrin beta chain
jK: R-phycoerythrin beta chain
jL: R-phycoerythrin beta chain
jM: R-phycoerythrin beta chain
jN: R-phycoerythrin beta chain
jO: R-phycoerythrin beta chain
jP: R-phycoerythrin beta chain
kQ: R-phycoerythrin beta chain
kR: R-phycoerythrin beta chain
kS: R-phycoerythrin beta chain
kT: R-phycoerythrin beta chain
kU: R-phycoerythrin beta chain
kV: R-phycoerythrin beta chain
kW: R-phycoerythrin beta chain
kX: R-phycoerythrin beta chain
ka: LR9
kb: LR9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,059,5122910
ポリマ－16,853,016862
非ポリマー1,206,4962048
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 23種, 190分子 A1B1C1D1E1F1G1I1K1N1P1R1T1X1Z1b1d1f1i1k1o1q1s1u1w1y1H1J1L1M1...

#1: タンパク質 LRC6


分子量: 27647.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#2: タンパク質 LRC4


分子量: 20484.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#3: タンパク質 LRC5


分子量: 33401.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#4: タンパク質
alpha_APC


分子量: 17609.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#5: タンパク質 ...
beta_APC


分子量: 17472.785 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#6: タンパク質 ApcF


分子量: 19903.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#7: タンパク質 ApcD


分子量: 18097.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#8: タンパク質 LCM


分子量: 100827.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#9: タンパク質 LC


分子量: 10467.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#12: タンパク質
LR_gamma4


分子量: 34435.332 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#13: タンパク質 LRC2


分子量: 52689.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#14: タンパク質
LR_gamma5


分子量: 30934.980 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#15: タンパク質
LRC1


分子量: 27155.957 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#16: タンパク質
LR1


分子量: 40723.992 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#17: タンパク質 ...
alpha_PC


分子量: 17459.615 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#18: タンパク質 ...
beta_PC


分子量: 18367.834 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#19: タンパク質 LRC3


分子量: 57210.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#20: タンパク質 LR3


分子量: 38913.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#21: タンパク質
LR2


分子量: 30437.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#22: タンパク質 LR_gamma7


分子量: 37657.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#23: タンパク質
LR_gamma8


分子量: 38086.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#24: タンパク質 LR_gamma6


分子量: 32773.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#25: タンパク質 LR9


分子量: 38715.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)

-
R-phycoerythrin ... , 2種, 672分子 e2g2i2k2m2o2q2s2u2w2y2E2G2I2K2M2O2Q2S2U2W2Y2A3C3E3G3I3K3M3O3...

#10: タンパク質 ...
R-phycoerythrin alpha chain


分子量: 17763.820 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)
#11: タンパク質 ...
R-phycoerythrin beta chain


分子量: 18496.031 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物)

-
非ポリマー , 4種, 2048分子

#26: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1540 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#27: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#28: 化合物...
ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6
#29: 化合物...
ChemComp-PVN / PHYCOVIOLOBILIN / Phycoviolobilin, bound form


分子量: 588.694 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: phycobilisome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL
分子量値: 16.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Griffithsia pacifica (真核生物)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53403 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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