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万見
- EMDB-9970: Thermococcus kodakarensis RNA polymerase in complex with transcri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9970
タイトルThermococcus kodakarensis RNA polymerase in complex with transcription factor E and promoter DNA, focused refinement on RNAP stalk and clamp domains and TFE
マップデータCryo-EM single particle analysis 3D reconstruction of RNA polymerase (RNAP) from Thermococcus kodakarensis (Tko) in complex with transcription factor E (TFE) and DNA, focused refinement
試料
  • 複合体: Thermococcus kodakarensis RNA polymerase in complex with transcription factor E and promoter DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription ...transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFE, archaea / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal ...Transcription factor TFE, archaea / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / : / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor E / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 ...Transcription factor E / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Hyun J / Jun S-H / Cho H-S / Murakami KS
資金援助 米国, 韓国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteR35 GM131860 米国
Ministry of Education (Korea)NRF-2017M3A9F6029755 韓国
Ministry of Education (Korea)2015R1D1A1A01059097 韓国
Ministry of Education (Korea)NRF-2019M3E5D6063903 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thermococcus kodakraensis RNA polymerase in apo form
著者: Hyun J / Jun S-H / Cho H-S / Murakami KS
履歴
登録2019年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2020年12月23日-
現状2020年12月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kf9
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9970.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9970.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM single particle analysis 3D reconstruction of RNA polymerase (RNAP) from Thermococcus kodakarensis (Tko) in complex with transcription factor E (TFE) and DNA, focused refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 176 pix.
= 246.4 Å		1.4 Å/pix.
x 176 pix.
= 246.4 Å		1.4 Å/pix.
x 176 pix.
= 246.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.80310476 - 0.96616983
平均 (標準偏差)0.0019456361 (±0.020877698)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ176176176
Spacing176176176
セルA=B=C: 246.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z176176176
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.400246.400246.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS176176176
D min/max/mean-0.8030.9660.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9970_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Tko RNAP-TFE-DNA (focused refinement) half map 1

ファイルemd_9970_half_map_1.map
注釈Tko RNAP-TFE-DNA (focused refinement) half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Tko RNAP-TFE-DNA (focused refinement) half map 2

ファイルemd_9970_half_map_2.map
注釈Tko RNAP-TFE-DNA (focused refinement) half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thermococcus kodakarensis RNA polymerase in complex with transcri...

全体名称: Thermococcus kodakarensis RNA polymerase in complex with transcription factor E and promoter DNA
要素
  • 複合体: Thermococcus kodakarensis RNA polymerase in complex with transcription factor E and promoter DNA

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超分子 #1: Thermococcus kodakarensis RNA polymerase in complex with transcri...

超分子名称: Thermococcus kodakarensis RNA polymerase in complex with transcription factor E and promoter DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: RNA polymerase from euryarchaea (Thermococcus kodakarensis) composed of 11 subunits (Rpo1', Rpo1", Rpo2, Rpo3, Rpo4, Rpo5, Rpo6, Rpo7, Rpo10, Rpo11, Rpo12), and in complex with transcription ...詳細: RNA polymerase from euryarchaea (Thermococcus kodakarensis) composed of 11 subunits (Rpo1', Rpo1", Rpo2, Rpo3, Rpo4, Rpo5, Rpo6, Rpo7, Rpo10, Rpo11, Rpo12), and in complex with transcription factor E and promoter DNA
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
分子量理論値: 410 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Image Cs corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 実像数: 3754 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.002 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movie frame data was subjected to motion correction to generate summed micrographs using MotionCor2.
粒子像選択選択した数: 1388666
詳細: Approximately 10,000 particles were selected manually. 2D class averages from the manual-picked particles were used as a template for automated particle picking in Relion 2.1.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
詳細: Defocus parameters were calculated from motion-corrected micrographs, using Gctf 1.06. Using the defocus parameters, Cs (0.003, after Cs image corrector tuning) and amplitude contrast (0.1), ...詳細: Defocus parameters were calculated from motion-corrected micrographs, using Gctf 1.06. Using the defocus parameters, Cs (0.003, after Cs image corrector tuning) and amplitude contrast (0.1), CTF phase flipping and amplitude correction was performed during the reconstruction using Relion 2.1.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4qiw


詳細: PDB file was converted to EM map using e2pdb2mrc.py routine in EMAN2 software package. The reference map was lowpass filtered to 60 angstroms as a startup model.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: Focused refinement on RNAP stalk and clamp domains and TFE was performed by continuing the last iteration of the 3D refinement run of the entire structure (EMD-9962), with the applied local mask
使用した粒子像数: 312092
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 61916 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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